在我国部门预算改革中所谓的“部门”具有特定含义，它是指那些与财政直接发生经费领拨关系的一级预算会计单位（上海财经大学公共政策研究中心，2003）。具体而言，根据中央政府部门预算改革中有关基本支出和项目支出试行单位范围的说明，部门预算改革中所指“部门”应包括三类：一是，开支行政管理费的部门，包括了人大、政协、政府机关、共产党机关、民主党派机关、社团机关；二是，公检法司部门；三是依照公务员管理的事业单位，如气象局、地震局等。
实行部门预算制度，需要将部门的各种财政性资金、部门所属单位收支全部纳入预算编制。部门预算收支既包括行政单位预算，也包括事业单位预算；既包括一般收支预算，也包括政府基金收支预算；既包括基本支出预算，也包括项目支出预算；既包括财政部门直接安排预算，也包括有预算分配权部门安排的预算，还包括预算外资金安排的预算。
收入预算编制采用标准收入预算法。通过对国民经济运行情况和重点税源调查，建立收入动态数据库和国民经济综合指标库，对经济、财源及其发展变化趋势进行分析论证的基础上，选取财政收入相关指标，建立标准收入预算模型，根据可预见的经济性、政策性和管理性等因素，确定修正系数，编制标准收入预算。
支出预算编制采用零基预算法。支出预算包括基本支出预算和项目支出预算。其中，基本支出预算实行定员定额管理，人员支出预算按照工资福利标准和编制定员逐人核定；日常共用支出预算按照部门性质、职责、工作量差别等划分若干档次，制定中长期项目安排计划，结合财力状况，在预算中优先安排急需可行的项目。在此基础上，编制具有综合财政预算特点的部门预算。
