由于施工企业工程项目存在着工期长、工点多、管理跨度大等特点，所以将工程项目审计一般分为前期审计、中期审计和终结审计三个阶段。各施工阶段的特点不同，其审计的内容也有所侧重。
一、工程项目的前期审计
工程项目前期审计，主要是对工程前期准备工作及施工管理的各项内控制度进行审计。及早发现矛盾和管理上的薄弱环节，防患于未然，为后续工程施工打下坚实基础。
1、首先审查《工程承包合同》：是否签订了项目承包合同，合同双方是否具有法人资格和相应的履约能力，内容是否合规完整；权、责、利划分是否明确。如有分包工程，还应审查《工程分包合同》。
2、审查工程施工准备工作情况：施工组织设计是否先进，现场施工队伍和机械设备的配置能否满足需要，指挥部的设置、定员、人员素质能否符合管理要求，达到精干高效、结构合理。
3、工程预算编制审查：是否编制了工程项目成本预算、费用预算、资金预算，编制依据是否充分，内容是否完整，预算定额是否合理。
4、对内控制度建立的审查：是否建立工程预算管理、合同管理、工资管理、成本管理、设备材料管理、安全质量管理、财务管理、分包工程管理等一系列管理制度，各项制度是否完善、严密。
二、工程施工过程审计
工程施工过程审计或称中期审计，主要围绕成本效益情况进行的审计。通过对工程项目的事中监督，发现并纠正施工管理中存在的问题，及时堵塞漏洞，降低成本，提高效益。
1、工程成本管理审查：通过对人工费、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费等构成成本五大要素的逐一审查，找出薄弱环节，提出对策和建议。
(1)人工费的审查：审查工时统计资料是否真实、准确，是否按劳动定额核算人工费，工资、奖金是否与效益和劳动生产率挂钩，有无不按规定多发工资，巧立名目发奖金，有无违反规定将其他费用列人人工费，使人工费超支加大。
(2)材料费审查：材料费是工程成本的主要组成部分，控制了材料支出，就有效控制了成本。审查材料物资消耗是否按定额控制，实行限额发料，材料实际消耗与预算定额的差额是否合理，材料的采购、管理、消耗手续是否齐备，有无损失浪费现象，余料是否盘点，料差和周转材料是否按规定分摊。
(3)机械使用费的审查：机械台班统计资料是否完整、真实，机械使用是否充分，有无因操作失误而造成机使费超耗浪费，费用分摊是否准确、合理。
(4)直接费和间接费的审查：审查直接费、间接费的开支是否有严格控制，有无违反规定随意扩大开支范围，提高开支标准，乱挤乱列成本的现象，费用摊销是否合理。
2、安全、质量、工期的审查：审查施工进度是否按计划进行，是否存在只抓进度而放松工程安全和质量管理，有无违规操作而导致安全质量事故的发生，造成经济损失。
3、内控制度的审查：审查各项内控制度是否贯彻实施，有无流于形式而造成管理失控，对分包工程是否进行有效管理，是否存在只包不管或以包代管现象，有无因管理不善而造成返工窝工等现象，影响工期和效益。
4、对工程结算、会计核算的审计：工程价款收入支出是否真实，工程结算是否符合规定，验工计价是否及时，手续资料是否完备，有无拖欠工程款现象，成本核算是否符合会计制度。
三、工程项目终结审计
终结审计主要侧重于经济责任审计。通过对工程项目的工期、质量、安全、效益及国有资产的安全完整等方面进行审计，从而对项目负责人的管理绩效作出评价。
1、对完工后的各项资产进行清查、核实，防止资产流失。
2、审查是否完成工程承包合同规定的各项指标，有无违反国家财经纪律的行为。
3、工程是否按期交工，并办理了竣工结算，财务决策是否符合规定。
4，工程期间有无发生安全质量事故，并分析原因责任。
5、是否按国家规定及时全部交纳了各种税金，有无拖、漏、少缴行为。
四、工程项目审计中应注意的几个问题：
1、关于分包工程和分包合同的审计：由于铁路建设速度加快，分包工程越来越多。审计中我们发现对分包工程和分包合同的管理比较混乱，存在的问题和漏洞较多，因管理不善而造成经济损失屡有发生；超付工程款，漏扣材料款，甚至出现分包方自行计价到建设单位直接领取工程款，我方后补签计价手续，致使我方在工程分包结算中处于失控状况。一些分包单位违反操作规程，偷工减料，致使工程安全质量事故时有发生，既造成经济损失，又损害了本单位的声誉。针对以上问题，我们在工程项目审计中应注意对分包工程和分包合同管理包单位违反操作规程，偷工减料，致使工程安全质量事故时有发生，既造成经济损失，又损害了本单位的声誉。针对以上问题，我们在工程项目审计中应注意对分包工程和分包合同管理的审计，首先应着重审查分包合同的订立：审查分包合同是否是有效合同，内容是否完整，立项是否清楚，对分包工程的单价、数量、总造价、质量、工期、结算方式、违约责任等有无明确规定。其次，加强对分包工程的管理、监督：是否对分包单位的资质进行严格审查，对分包单位计价结算、安全质量是否严格按合同规定办理。通过审计，强化对分包合同和分包工程的管理，减少因管理不善而造成的经济损失。
2、对在建工程的审计：在工程项目审计中，我们发现有些单位对在建工程的核算违反有关财务制度的规定，核算不规范，未完施工手续不完备，甚至凭主观推断而随意列帐。有些单位为了自身利益，用在建工程调节成本，随意增加或减少在建工程成本，致使工程成本不实，形成虚盈实亏。针对以上问题，审计中要严格审查在建工程所列项目是否真实，审核未完工程盘点单，计价列帐是否按工程完成进度和规定，有无人为调节成本现象。一旦发现要及时调帐，以保证工程成本收益的真实性。
3、从审计的自身条件来看，审计人员的业务素质有待于提高。由于工程项目审计是一个高层次较复杂的专项审计，涉及预算定额、工程技术和财务等许多方面的专业知识，对审计人员的业务素质、政治素质要求较高，所以审计部门应加强对现有审计人员的业务培训，提高工作水平。这样才能保证工程项目审计的质量，最终达到强化和完善工程项目管理，提高经济效益的目的。
