预算控制系统的缺点从总体上看，表现在：预算控制系统制定复杂；在某种程度上限制了管理者及职工的主观能动性；预算标准刚性使控制不能随着环境变化而变化。具体地说，预算控制系统的缺点有：

(1)预算控制束缚控制者与被控制者双方的能动性。在预算控制中，无论控制者还是被控制者都以预算标准为依据进行管理与业务活动。当预算控制环境发生变化时，显然按预算标准进行控制将会产生问题，但在刚性预算下，控制者与被控制者往往习惯于按预算办事，不愿意或没有权力调整预算。长期下去，双方主观能动性都受到影响。

(2)预算控制目标与企业(组织)目标往往不一致。企业目标从质上讲可能是固定的，即追求资本增值，但从量上讲其实是不固定的，往往追求更大的价值量。预算目标从量上看往往是固定的目标。从静态看二者是一致的，但从动态看，二者显然会形成差异，不利于企业目标的实现。

(3)预算控制从内容、过程到方法都过于繁琐、复杂。预算控制是一种全面控制、过程控制，控制过程中涉及企业所有人、所有部门、所有业务，同时，预算作为用数字或货币编制出来的计划，其系统性、准确性要求相当高。这两点决定了预算控制是一种复杂的控制。

(4)预算控制不利于取得更高的效率与效果。由于人们将预算控制标准作为行为准则或目标，而预算标准制定方法本身又存在着不科学或不完善的地方，往往造成控制者与被控制者的对立或博弈。无论是增量预算还是零基预算，都存在预算标准确定中的博弈，从而影响效率与效果。

预算控制系统适用于所有的组织或企业，但是对于管理环境和基础较差的企业，建立与运用预算控制系统难度较大；对于管理环境和基础较好的企业，建立与运用预算控制系统相对容易，但过分强调预算控制可能束缚管理者的主观能动性。