预算控制系统是管理控制系统的小型复制品，是公司治理结构下的游戏规则。它是一种与企业发展战略相配合的战略保障体系，是与整个公司业务流、资金流、信息流，以及人力资源流的要求相一致的经营指标体系，是与日常经营管理过程互相渗透的行为规范与标准体系，是与期终总结相关的业绩评价与奖惩体系。这是对预算控制系统重要性的重新诠释，不但把预算控制同企业整个经营流程密切联系起来，而且还从更深的层次揭示了预算控制在企业生存与发展中所起的关键性作用。预算控制系统的功能主要体现在以下四个方面：

第三，控制业务。控制是预算控制系统最基本的功能，预算的控制作用贯穿于整个经营活动过程中。预算编制是一种事前控制，预算执行是一种事中控制，预算分析与考评是一种事后控制。通过预算执行结果反馈以及与预算目标的差异分析，有助于发现经营和管理的薄弱环节并纠正不利差异，从而改进工作，实现目标。费用报销、资金拨付和会计核算等业务的进行都要以预算目标为依据。如果属于预算内项目，且符合预算目标要求，则费用可以报销，资金可以拨付，会计核算可以进行；如果属于超预算或预算外项目，则需要重新进行审批。这样就对经营活动起到了有效的控制作用，使战略目标的实现具有了保障。

第四，评价业绩。预算控制系统具有“抑恶扬善”的功能，即抑制偏离公司战略目标的“恶”行，褒扬为实现公司战略目标而努力的“善”为。各项预算控制指标和预算控制标准为公司提供了评价各部门及其员工实际经营业绩的客观依据。定期或不定期检查考评各部门所承担的经济责任和工作任务的完成情况，并将预算执行的实际结果与预先设置的预算目标进行比较，确保公司整体目标的实现，是企业管理的核心。当然，需要注意的是，应该将预算执行者的业绩评价结果与其薪酬奖励相挂钩，否则对执行者而言预算的执行既无动力，也无压力，其结果流于形式。