杭州千岛湖配水工程虽已获批，但相关专家仍对此持有不同意见。对于长距离引水工程，国外水利专家早有定论，超过100公里的引水工程从经济上讲不合算。不仅工程本身耗资巨大，利用率也往往无法达到预期要求。而当中涉及的诸多问题错综复杂，不仅可能涉及沿途征地，还将遇到拆迁等一系列问题。

现在可以把五类水处理到人能饮用，资金技术没问题，为什么不用高科技解决？而千岛湖作为一个圈养水源地，大量的取水，必定会影响到其水质的自愈能力。如果一定要引，就必须控制好取水的量，如此宝贵、高质量的水不应该过多浪费。不然今天的千岛湖很可能变成明天的千孔湖。

而除了工程可能产生的环境保护问题，也有专家从社会治理机制角度上就千岛湖配水工程给出了自己的建议。

上海交通大学安泰经济与管理学院副研究员黄少卿向早报记者表示，“千岛湖引水风波”与目前我国社会治理机制缺乏存在一定关联。

千岛湖配水工程作为一项涉及利益主体众多、生态和经济影响长远的工程，其工程的得失与否，不能仅仅限于对一城一地用水安全的角度考虑，而是要从更高的全局观入手。譬如引水导致千岛湖水位下降，可能因此引发一系列气候、生态景观变化，可能造成的周边县市的旅游度假产业影响，当地生态变化，均应纳入考量。注重其中各个利益主体之间的协商，才能取得更大的社会收益。

面对一个具有如此数量利益相关者和千万百姓利益的政府公共项目，我们不应拘泥于过往由政府主导式、集权决策和实施的传统机制中，而可以让该工程各方面的利益攸关方加入进来，一起参与整个工程的讨论、协调和决策。若能如此，所产生的方案必然能达到社会福利的最大化。