工作思路不明确，缺乏长远规划。

预算执行审计受到传统思想的制约，认为预算执行审计年年搞，年年老一套，查不出个是非曲直。即使能查出一些比较大的问题，但由于种种原因， 也是大事化小，小事化了，所以在思想上产生了一种疲惫感，被审计单位也认为每年都审计而产生了一种抵触情绪，这在一定程度上影响了审计质量。审计人员对于本级预算执行审计的目标是什么、应该发挥什么作用，还不是很清楚，工作缺乏思路。因此造成机械地参照上级执行，或者延续财务收支审计的路子，把重点放在财政部门本身的违规问题上，导致“同级审”失去应有的作用。同时，在审计方法上审计人员基本是根据以往的工作经验，被动应付，对预算执行审计工作没有站在一个全新的高度去认识，没有一个长远的工作思路和工作目标，每年的工作重点不够突出，缺乏创新。对预算执行审计的定位不清。预算执行审计局限于对财政部门、地税部门进行审计，审计财政资金是否及时、足额拨付下去，是否存在挤占挪用情况，只注重财政资金合规性审计这个层面，没有对预算编制情况和资金的使用效益情况这两个层面给予过多的关注。审计报告关于预算管理体制中的深层次问题反映得不够透彻，在反映问题时要么罗列一大堆现象，要么就事论事，缺少具有可操作性的意见和建议。财政审计工作对加强预算监督、加强财政管理的审计作用没有完全发挥，审计的层次还有待提高。

对税务部门审计深度不够。

税收征管审计是预算执行审计的重要组成部分。以往的税收征管审计只是对地税部门提供的账簿、凭证进行审查，对企业的纳税申报资料进行核对。由于受到人员少、时间紧的影响，审计人员没有深入到纳税企业，对企业的财务账簿进行审计。即使在审计中发现了疑点，由于受到审计部门权限的限制，审计人员无法延伸的企业特别是一些私营企业进行审计，不能发现企业纳税中更深层次的问题。另外，地方税收中有很大一部分是通过国税部门征收的，比如增值税中地方的25%部分，2002年以后成立企业的企业所得税以及增值税附征的城建税和和教育费附加。由于国税部门是中央垂直管理，地方审计机关没有权力进行审计，造成对这些税收的真实性、合法性无从监督。

审计手段单一，审计的人员不能适应审计工作的需要缺乏创新。

在预算执行审计工作中，计算机辅助审计应用水平不高，地方审计机关大都停留在手工翻账簿的阶段。这一部分是由于财政部门业务数据量大，而且没有使用统一的财政软件，地方审计人员缺乏大型数据库知识，不能将数据转换成审计需要的形式；另一方面和审计人员的知识水平和综合素质没能跟上财政体制改革的步伐，对使用计算机辅助审计由一定的畏难心理也有很大的关系。