1.同级审的指导思想没有真正到位。表现为总体上还没有跳出原财务收支审计的框框，注意微观方面的问题较多，反映宏观方面的问题相对较少，提出纠正性措施较多。建设性意见相对较少，缺乏整体性和宏观性。没有真正确立起核实收支，摸清家底，把真实性放到第一位的思想观念；没有真正确立起抓重点部位，评内控制度的思想观念；没有真正确立起注意大宗资金走向，分析合法、效益情况的思想观念；没有真正确立起运用审计监督促进财政管理的思想观念，偏重于查几个违纪问题。

2.执法力度不够。在实施“同级审”过程中，一些地区还存在着对一些重点项目、重点资金、重点单位的审计深度不够，揭露的问题不多，或者虽查出一些问题，但却是表面性的问题，隐性的、深层次的问题没能看到。

3.同级审制度建设明显滞后。主要表现在：二是同级审制度建设落后于其他审计。对同级审的准则和标准、审计人员应承担的审计责任以及如何防范审计风险等方面都没有很好的制度加以规范；二是《审计法》规定的同级审和实际操作存在矛盾。从理论上看，同级审应包括本级财政的收入和支出两个方面，但在实际操作中，往往收入方面的资料不全面。地方财政收入中有一块与国税系统业务有关，增值税属地方财政收入为25%部分，其征收和理由国税系统负责，而审计机关不能对本级国家税务机关进行审计。国税入库、提退代征手续费等情况无法审计核实，成为监督的盲区，造成同级审的资料和审计结果不完整。目前税收等财政收入审计，更多采用专项审计调查方式，主要揭露征管部门存在的突出问题，促进深化征管体制改革。

4.政府行为与财政部门行为难以界定。《预算法》规定，各级预算由本级政府组织执行，具体工作由本级财政部门负责。但财政是政府的财政，预算执行得好坏是考核政府政绩的主要方面。目前，相当一部分违规问题是政府行为，审计机关又在政府领导之下，这就使得对本级财政的审计受到局限。同级审中发现的地方财政行为不规范和违纪问题，往往与本级政府的财政意志、政府行为、地方利益有关，地方审计机关要体现独立审计监督权确实很难。审计难，处理更难，根据现行审计程序要求，同级财政预算执行审计所形成的报告，一般要经同级政府行政首长认可，并尊重财税部门的意见，而财政部门的行为大多以政府授意为托词，致使审计实践中难以区分是政府行为还是财政部门行为。事实上即使是财税部门的自身行为，只要符合地方利益，审计也很难纠正，其至无法做到如实向上级审计机关反映。因而，财政部门越权行为得不到充分揭露，审计的监督作用没有得到有效的发挥。

5.传统审计内容未能适应财税制度改革的变化。审计仍停留在手工查帐的水平，这将越来越严重地制约着“同级审”工作的顺利开展和进一步深化，有计划、有步骤地推动审计信息化建设，尽快实现审计方法由传统型向现代技术型转变是当务之急。