电子政务审计的方法，既包括手工环境下传统的审计技术方法，也包括应用计算机的方法。一般方法包括：访谈法、文档审阅法、观察法、文字描述法、表格描述法、图形描述法、分析和质量控制法、启发式评估和界面测试法、问卷调查法等。一般方法如：(1)访谈法。访谈法能够通过由项目管理人员、技术主管和相关业务人员共同参与访谈，了解电子政务项目及其对公众服务的背景，用来收集定量的数据。

(2)文档审阅法。文档检查法除了能够了解项目和电子公共服务的相关背景之外，还能按照所选择的效率、质量和制度性联系等指标来对电子政务项目进行评估。

(3)分析和质量控制法。一些传统的项目评估中所采用的分析和质量控制方法可用于了解项目背景以及评估电子政务项目和所选择的服务。这些控制方法包括利益相关人分析、SWOT分析、风险表、计划和发现矩阵。利益相关人分析在审计中确定作为信息来源的主要参与者的时候发挥作用。SWOT分析和风险表能够分别确定项目的优势和弱势，以及项目的风险，从而确定评估的重点。计划和发现矩阵能够组织项目和所选择的公共服务的评估计划的有关信息和结果。

(4)启发式评估和界面测试法。对电子政务门户网站的启发式评估和界面测试能了解这些服务的相关背景。审计中对电子政务服务网站进行启发式评估，能够验证电子政务项目提供的服务是否符合设计文档提出的要求。

(5)问卷调查法。问卷调查方法既适用于提供网络门户和电子政务服务的管理者，又适用于用户，能够搜集不同方面的观点。

应用计算机的方法包括：测试数据法、平行模拟法、综合测试法、受控处理法等。应用计算机的方法在使用计算机处理被审计单位相关财务的电子数据和对电子政务项目建成的信息系统进行评价时尤为有效。