审计关系被扭曲的根本原因在于公司治理机制的不合理。一般认为公司治理存在两种机制：一类是公司的内部治理机制，主要通过股东大会、董事会及监事会等组织之间逐级委托代理关系的安排及其运作来进行；另一类是外部治理机制.主要通过政府部门监管和资本市场、经理人市场、接管市场及舆论导向等的外部压力来实现对管理层的激励与约束。公司治理的首要当事人是出资人所有者，对上市公司来说是股东。就其治理的效果，从内部看，上市公司中“一股独大”及内部人控制现象十分严重，中小股东参与公司经营决策程度非常低，对经理人的报酬激励机制还很不完善；从外部治理机制看，由于政府监管尚不到位，无法对虚假的报告进行有效约束，而经理人才市场和有效接管市场尚未形成，并未对公司管理层形成真正的压力。以上种种因素使我国公司的内部治理机制和外部治理机制趋于一种失效的状态。

公司治理机制的失效严重削弱了审计的功能。按照现行企业制度规定，上市公司聘请和变更会计师事务所必须经过股东大会批准，但由于公司内部治理机制失效，上市公司的内部人掌握着聘请会计师事务所的真正权利，通过股东大会只是一种形式，这种聘任方式对审计的直接影响在于其扭曲了审计关系，使三角审计关系演变为直线型，造成审计的委托和付费完全由企业的管理者(被审计人员)控制，而这种演变的结果直接导致了审计人员在审计签约和审计实施过程中往往不得不屈从于上市公司及内部人的压力，造成审计人员事实上的不独立，进而对审计质量造成严重的负面影响。同时这种负面影响又会延续到公司的外部治理机制，表现为审计人员很难用声誉机制对上市公司进行惩罚。同时由于审计市场供求关系失衡，整个审计市场排斥高质量的审计服务，即使审计人员披露被审计单位的要挟行为，也很难增加被审计单位的再次签约成本。

审计关系被扭曲的直接后果表现为审计质量的严重下降。

究其原因：

1.审计委托人和被审计人合一，导致事实上的审计委托人消失，审计活动不能真正代表审计委托人的审计愿望，使投资者、债权人、潜在投资者、政府机构及其他利益关系人的利益得不到保障。

2.这种扭曲的审计关系极易造成被审计人员和审计人员合谋，审计人员难以保持应有的独立性，使审计活动演变成为被审计人服务的一种工具，从而出现被审计单位操纵财务信息购买审计意见误导投资人及利益相关者的现象。

3.，由于我国审计市场存在严重的供过于求现象，加之审计关系被扭曲，极易造成审计人员在与被审计人的博弈中处于不利地位，不能保证审计质量。

4.审计委托人与被审计人合一会使公正的审计人员失去审计业务，不公正的审计人员与被审计人员的亲和力，而获取更多的审计业务。这必然导致整个审计市场对高质量审计服务的排斥，最终使整个审计市场崩溃。

5.审计关系扭曲的直接结果在于审计活动并不能消除或改善财产所有者和经营管理者之间的信息不对称状况，使被审计人员拥有最多的企业经营管理相关信息，而财产所有者拥有最少的信息。