我们知道，在《高等学校会计制度》中，归集、核算学校教学及行政管理成本、费用的会计科目主要是“教育事业支出”会计科目；核算学校科研成本、费用的会计科目是“科研事业支出”会计科目。而独立学院所应用的《民间非营利组织会计制度》，其学院教学、科研成本费用的主要归集会计科目也有两个，一个是“业务活动成本”，一个是“管理费用”。
1、关于“业务活动成本”会计科目及其相关明细科目的设置
在独立学院核算账套中，同普通高校所不同的是，可以把学院的全部直接教学、科研成本费用，统统归集到“业务活动成本”会计科目项下进行核算。为了区分教学活动的成本费用和科研活动的成本费用，可在该科目项下分设“教学活动成本”和“科研活动成本”两个二级明细科目。以“教学活动成本”明细科目来归集学院直接用于教学和教学管理的相关成本费用；以“科研活动成本”明细科目来归集学院的相关科研成本费用。在这两个二级明细科目下再分别设置“人员支出”、“公用支出”、“对个人和家庭补助支出”三个三级明细科目，分别对教学活动和科研活动所发生的相关成本费用进行归集。
但在四级及以下明细科目设置时，对于“教学活动成本”和“科研活动成本”两个明细科目应有所区别。对于教学活动成本项下四级及以下明细科目的设置，应严格按照普通高校“教育事业支出”会计科目中的有关明细科目的设置要求来进行（一般是按照省级教育和财政部门的要求进行科目设置）。而对于科研活动成本项下四级及以下明细科目的设置，应本着科学、简化、满足要求的原则，根据学院的管理需要进行设置。
2、关于“管理费用”会计科目及其相关明细科目的设置
独立学院所使用的《民间非营利组织会计制度》中的“管理费用”会计科目，主要是归集独立学院行政管理部门及行政管理人员所发生的相关费用的。其二级及以下的明细科目的设置，应完全和“教学活动成本”科目项下的有关明细科目相同。以便在为大学提供“人员支出”、“公用支出”、“对个人和家庭补助支出”时，对直接核算学院教学及教学管理成本费用的“教学活动成本”和直接核算学院行政管理成本费用的“管理费用”两大科目及其明细项目进行同口径汇总。
但有一点需要注意：就是在设置“教学活动成本”和“管理费用”的明细科目时，需要在“公用支出”明细科目下添加“折旧”明细科目。同时也要删除普通高校“教育事业支出”和“科研事业支出”会计科目项下明细科目中的，有关设备、图书购置费等明细科目。因为大学所使用的高校会计制度，其会计核算基础是收付实现制，对于所购入的设备、图书等固定资产，可直接计入当期有关成本费用，因此不再需要计提固定资产折旧费用。
