（一）稽查局

泉州市国家税务局设置1个稽查局，级别为正科级。其内设机构5个，级别为正股级，具体名称为：综合科、综合选案科、检查科、案件审理科、案件执行科。

负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对本级和年度计划确定的重点税源企业和税务违法案件的查处、审理、执行工作；组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收案件举报的受理、转办；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查工作。

（二）直属税务分局

泉州市国家税务局设置1个直属税务分局，级别为正科级。其内设机构6个，级别为正股级，具体名称为：办公室、综合业务科、计划征收科、税源管理一科、税源管理二科、办税服务厅(暂不设立)。

负责对所辖市属以上大企业和跨国企业的税源监控、管理和税款征收。具体职责是：负责所辖纳税户税务登记及纳税申报的调查核实、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施纳税评估、处理一般性违规违章行为等。