（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案、督查等机关日常运转工作，承担信访、安全、保密、政务公开、新闻宣传等工作。
（二）规划财务处。拟订水利发展规划，组织编制重要水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重要水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计，指导水工程建设项目合规性审查工作。负责提出全省水利基本建设中央和省投资计划建议，组织提出省级水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。拟订水利资金管理制度，监督管理水利资金和国有资产，提出有关水利价格、收费、信贷的建议。负责水利统计工作。负责机关及直属单位财务管理和内部审计工作。
（三）行政审批处（政策法规处）。负责行政审批事项的受理和审批工作，组织协调行政审批事项的现场勘查、专家论证和技术审查等工作，组织协调办理与省直部门联合审批事项，承担简政放权相关工作。拟订全省水利法制建设规划，组织起草水行政管理地方性法规、省政府规章草案，研究拟订水利工作的政策并监督实施。指导实施水政监察和水行政执法工作，承担省内重大水事违法案件的查处，协调地区间的水事纠纷。承担行政复议、行政应诉、行政赔偿工作，负责规范性文件合法性审核工作，督促检查本系统本行业的行政执法工作。
（四）水资源管理处（省节约用水办公室）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。拟订全省市际水量分配方案并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。组织编制全省水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布全省水资源公报。
参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施全省节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。承担跨区域跨流域水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施，指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。
（五）建设与运行管理处。指导全省水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导大江大河干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。指导全省水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。拟订全省水利行业技术标准、规程规范并监督实施。
（六）河湖管理处（河长制工作处）。指导全省水域及其岸线的管理和保护，指导省内重要江河湖泊、河口的治理、开发和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，负责河道管理范围内工程建设方案审查制度的有关工作。承担全省河长制的组织实施工作，指导推行河长制工作的组织协调、调度督导、检查考核。
（七）水库移民处（水土保持处）。承担全省水利工程移民管理和后期扶持工作，组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度，负责大中型水利工程移民安置规划审核的有关工作并监督实施，组织开展新增水库移民后期扶持人口核定，协调推动对口支援工作。承担全省水土流失综合防治工作，组织编制全省水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，负责国家和省大中型开发建设项目水土保持方案审核的有关工作并监督实施。
（八）农村水利水电处。组织开展全省大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。组织拟订全省农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导全省农村水利社会化服务体系建设。承担协调牧区水利工作。负责组织实施全省“大禹杯”竞赛活动。
（九）监督处（省水利工程建设项目稽察办公室）。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。承担水利行业安全生产监督管理工作，组织开展水利行业安全生产监督和专项检查，组织开展水利工程建设安全生产和水库、水电站大坝等水利工程安全的监督检查。组织或参与重大水利安全事故的调查处理，组织开展对重点水利工程建设项目的稽察和整改落实情况的监督检查。
（十）水旱灾害防御处（水文处）。组织编制全省洪水干旱防治规划和防洪标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作，组织指导有关防洪论证工作。组织指导全省水文工作，负责水文水资源（含水位、流量、水质等要素）监测工作，负责水文站网建设和管理。组织实施江河湖库和地下水监测。发布水文水资源信息、情报预报。承办国际河流有关涉外事务，承办国际合作和外事工作，组织重大水利科技研究、技术引进和科技推广。
（十一）机关党委办公室（人事处）。负责机关和直属单位的党群工作。负责机关和直属单位机构编制、人事管理、队伍建设及教育培训等工作。负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。指导水利行业人才队伍建设。承担水利体制改革的有关工作。机关党委办公室与人事处合署办公。
