院下设地质勘查处、物探勘查处、工程物探中心、环境地质勘查处、水文地质勘察处、矿产勘查处、岩矿测试中心、智奥电算开发中心、聊城地质勘察院、山东省深基工程建设总公司、山东省深基础工程勘察院、山东省深基础检测研究中心、深奥矿泉水厂。

建院50多年来，共完成各类矿产资源勘查、评价项目500余个，完成工程地质勘察与基础施工项目600多个，其中物化探勘查有30多项成果分别获地矿部找矿奖，科技奖，勘查成果奖；工程勘察项目均以优质工程项目获质检部门和设计单位的好评。先后为勘查评价莱芜、金岭、济南、淄河等铁矿，福山、铜井、邹平、担山等铜及多金属矿，莱西石墨矿，栖霞滑石矿，胶东半岛及平邑归来庄等地区的金矿，临沂地区金刚石原生矿，鲁西南及鲁北煤田，济南、青岛、潍坊、莱芜等地下水源地，青岛崂山地区矿泉水，济南地热田等做出了贡献；完成了山东全省1:20万重力测量和鲁中，鲁西南地区1:20万区域化探测量及40多个1:5万图幅的化探调查，为各类矿产普查及基础地质研究提供了基础资料；完成了山东第一核电厂等30余个建设项目选址的工程物探勘查；完成了龙口—烟台220kV高压输电线路铁塔基础工程，500kV输电线路东明段跨越黄河塔基工程、山东电力科技大楼、肥城热电厂、郯城热电厂、邹城里彦电厂、济南顺河街高架路等150余个项目的钻孔灌注桩，预制桩，粉喷桩等工程施工和200多项工程地质勘察及工程测绘任务。