组织编制全国水利发展战略、中长期发展规划，组织水利发展和改革的重大专题研究。组织编制全国水资源综合规划、国家确定的重要江河湖泊的流域综合规划、流域防洪规划，拟订全国和跨省（自治区、直辖市）水中长期供求规划，归口管理水利专业和专项规划的编制和审批工作。组织指导有关防洪论证工作，负责重大建设项目洪水影响评价和水工程建设规划同意书制度的组织实施。负责中央审批（核准）的大中型水利工程移民安置规划大纲审批和移民安置规划审核工作。组织审查、审批全国重点水利建设项目和部直属基础设施建设项目的项目建议书、可行性研究报告和初步设计，指导河口、海岸滩涂的治理和开发。负责提出中央水利建设投资（含专项资金）的规模、方向和项目安排的意见，负责提出中央水利建设年度投资建议计划，负责审批、核准国家规划内和年度计划规模内水利建设投资项目，负责中央投资水利基建项目、部直属基础设施建设项目投资计划管理和水利前期工作投资计划管理。组织水利规划中期评估工作，指导水利建设项目后评估工作，负责水利统计工作。承办部领导交办的其他事项。