负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、政务公开、新闻发布工作；负责重要工作的督查督办。
编制水利部门预算；承担机关并指导厅属单位的财务管理工作。承担全省水利资金和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。
拟订全省水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划；审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；指导水工程建设项目合规性审查工作；承担水利综合统计工作。
起草全省水利法规草案和部门规章并监督实施；指导水利行政许可工作并监督检查；承办行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；承担重大涉水违法事件的查处，协调跨市、自治州水事纠纷；指导水政监察和水行政执法工作。组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施，组织编制全省水资源保护规划，指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作，指导入河排污口设置工作;指导计划用水和节约用水工作。
负责机关和厅属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、干部职工队伍建设工作；负责水利体制改革有关工作。
指导全省水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导重点河流、滩涂的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水利工程建设与运行管理，指导水利建设市场的监督管理。
科技外事处
承办水利国际合作和外事工作；拟订全省水利行业技术标准、规程规范并监督实施；组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广。
组织协调全省农田水利基本建设，指导农村饮水安全、节水灌溉，排水及雨洪资源利用等工程建设与管理，指导农村水利社会化服务体系建设。
指导全省农村水能资源开发工作，拟订全省农村水能资源开发的政策、法规、技术标准和规程规范并组织实施；组织开展水能资源调查工作，负责水能资源信息系统建设和水能资源调查成果的管理；指导农村水电体制改革，指导水电农村电气化工作，指导小水电代燃料工作。
承担水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝的安全监管，组织实施水利工程质量和安全监管。
负责厅机关和直属单位的党建工作。
拟订全省渔业发展的政策、规划、计划并组织实施;指导渔业标准化生产和健康养殖;负责渔业水域生态环境和水生野生动植物保护;组织水产品质量安全的监督管理;指导水生动植物的防疫检疫和病害防控工作;负责渔业执法、监察和渔政队伍建设工作;组织、指导渔业基础设施建设与管理;指导水产技术推广和水产品加工流通;承办重大涉外渔事纠纷处理工作,协调处理重大渔事纠纷;承担水产综合统计,发布水产信息。承担渔船检验和渔政、渔港监督管理以及代表国家处理渔业涉外事务的职能。
审计与稽察处。
组织实施水利内部审计监督制度;负责厅机关及直属单位的审计工作;负责全省水利投资使用和管理情况的审计和审计调查;负责监督水利建设和经济活动违纪违规问题的整改;组织实施全省水利工程建设项目稽察制度;负责对国家和省投资及参与投资的全省水利建设项目进行全过程稽察;对水利工程建设过程中违规、违纪事件进行调查、处理、处罚。
安全监督管理处。
指导全省水利(渔业)行业安全生产工作;组织开展水利工程建设和水库、水电站等水利工程安全监督检查;负责调查处理并协调解决重大水利安全事故;履行法规规定的行政许可职责中涉及安全的有关事项。
节水处(省节约用水办公室)。
负责全省节约用水工作;拟订节约用水政策,编制节约用水规划,制定有关标准;组织指导用水定额的编制和管理工作;组织拟订年度用水计划并监督实施;组织实施建设项目节水设施“三同时”管理制度;指导节水器具的推广,监督节水设施的安装和使用;指导和推动节水型社会建设;承担吉林省节约用水办公室的具体工作。
老干部处。
负责机关离退休干部管理服务工作;指导直属单位的离退休干部工作。
机关党委。负责机关和在长直属单位的党群工作。
