1、1963年12月4日，山东省人民委员会（63）鲁水栗字第1387号文决定成立山东省南四湖流域治理工程局。在行政上、业务上受省水利厅领导。

2、1972年5月，中共山东省委鲁发（1972）83号文决定，将“山东省南四湖流域治理工程局”改名为“山东省治淮南四湖流域工程指挥部”。

3、1988年8月2日，山东省政府办公厅鲁政发（1988）72号文确定，根据工作需要，将“山东省治淮南四湖流域工程指挥部”更名为“山东省淮河流域工程局”。

4、2000年10月11日，山东省水利厅鲁水人字[2000]36号文通知：山东省人民政府办公厅以鲁政办发[2000]81号文决定，“山东省淮河流域工程局”更名为：“山东省淮河流域水利管理局”，作为山东省水利厅派出的流域机构，代表山东省水利厅行使所在流域的水行政主管职责。

5、2019年3月，按照省编委批复，省海河流域水利管理局、省淮河流域水利管理局、省小清河管理局、省水利工程管理局4个事业单位，合并组建省海河淮河小清河流域水利管理服务中心。