从1957年4月中国水利学会第一次全国会员代表大会（“一大”） 到1963年10月中国水利学会第二次全国会员代表大会期间（“二大”），在组织上撤销了各地分会，一律改为省（市、自治区）水利学会，同时组建了专业委员会，经“二大”批准建立有防洪与规划、农田水利、水力发电、河道与港口、水工结构、施工与施工机械化等6个专业委员会。另外成立了科学普及工作委员会。全国会员人数达8000余人。
从1963年的“二大”到1981年2月13日“三大”，学会组织蓬勃发展，却被1966年开始的十年动乱所断送，学会活动被迫停止，学会二级组织也随之自动解散。于1978年7月，中国水利学会恢复活动，组成临时常务理事会，同时建立了秘书处。恢复和重建了施工与施工机械化、水工结构、农田水利、泥沙、岩土力学、水文和水利经济等7个专业委员会（研究会）。各地方水利学会也相继恢复，到1980年底，全国除台湾省外，29个省、直辖市、自治区都已建立了水利学会。全国会员人数已达15000多人。
从1981年"三大"到1985年10月29日"四大"，水利学会专业委员会（研究会）发展到了14个，它们是：水文、泥沙、水力学、岩土力学、水工结构、农田水利、施工、工程管理、港口航道、遥感、水利经济、环境水利、水利史、科技情报。1984年1月学会重新成立了科普工作委员会。全国会员人数已近30000人。
1985年“四大”到1989年12月24日“五大”期间，全国除原有29个省、自治区、直辖市水利学会外，天津市水运学会1987年申请加入中国水利学会。海南建省之后，海南省水利学会也在筹建之中。全国会员人数达54000人。从1985年起开始吸收外藉通讯会员，已在10个国家发展通讯会员25人。学会所属各专业学术组织增加到21个，新成立的专业委员会（研究会）有：水利量测技术研究会、水利规划研究会、水利勘测专业委员会、水利渔业专业委员会、水文气象学专业委员会、计算机应用专业委员会、中国水法研究会等7个。学会工作机构除原已成立的科普工作委员会、科技咨询工作委员会、《水利学报》编委会外，四届理事会期间又成立了国际合作交流工作委员会、水利优秀学生奖学基金委员会。
从1989年“五大”到1993年12月22日“六大”期间，除台湾、香港、澳门外，大陆30个省、自治区、直辖市水利学会（包括海南省），会员发展到74517人。学会学术组织新成立了水资源、黄河、淮河、围涂开发、减灾、统计专业委员会（研究会），学会工作机构又新成立了青年科技工作委员会、海峡两岸水利科技交流促进工作委员会、金桥工程中心、水利科技名词审定委员会。
从1993年“六大”到1999年3月30日“七大”期间，新增个人会员18792人，会员总人数达93309人。除台湾、香港、澳门外，全国已有31个省、自治区、直辖市水利学会。吸收河海大学、三峡总公司等22个单位为学会单位会员，尚有16名通信（讯）会员。新成立了泵及泵站、水利建设管理、水力发电、地基与基础工程、通信、碾压混凝土筑坝、水利工程造价管理、混凝土面板堆石坝、工程爆破、牧区水利、劳动保险等11个专业委员会。截至1999年3月中国水利学会已拥有35个专业委员会（研究会）、8个工作委员会、5个归口管理的国际学术组织的中国国家委员会或联络组。
中国水利工程学会时期（1931 － 1948）
1931 年4 月22 日，在李仪祉、李书田、张自立、须恺等老一辈水利先驱的倡议下，我国历史上第一个水利科技团体——中国水利工程学会在南京正式成立。在成立会议上，通过了会章，推选了董事，设立了机构，选举了干部。李仪祉被推选为第一任会长，李书田任副会长。从此，一批批矢志发展水利、富民强国的水利科技工作者团结在学会周围，以“集合全国水利人才之精力，求解中国今日之水利问题”为号召，以“联络水利工程同志，研究水利学术和促进水利建设”为宗旨开展活动。在当时十分困难的条件下，借助学会组织，推进水利事业，在我国水利发展史上留下了值得纪念的一页。
中国水利工程学会由董事会、执行部、特种委员会和分会四部分组成。其中，董事会是学会的领导机构，由会长、副会长、总干事和董事组成，决定执行部所不能解决的重大事务，审查新会员资格，审定地方分会的成立。执行部是学会的执行机构，由会长、副会长、总干事各一人组成，会长主持学会会务，是学会对外代表；副会长协助会长主持会务；总干事办理本会日常工作，并掌管文书、会计等事宜。特种委员会是学会的专门工作组织，负责保管基金、发行刊物、介绍职业、征集会员及其他事项。分会，根据会章规定，凡在同一地方有会员10 人以上者可以组织分会；分会可以自己活动，可以有自己的章程，但不得与总会章程相抵触。
中国水利工程学会章程规定，每年召开一次年会。第一届年会于1931 年8 月30 日在南京举行。会议讨论了六项提案，会后发表了“中国水利工程学会第一届年会宣言”、“呈请统一全国水利行政文”等文件。
第二届年会于1932 年在南京举行。
第三届年会于1933 年10 月11 日在杭州举行。为便于全国水利行政的统一，年会讨论通过了“水利”的定义，即：“水利为兴利除患事业，凡利用水以生利者为兴利事业，如灌溉、航运、发展水力等工程；凡防止水之为害者为除患事业，如排水、防洪、护岸等工程是。”年会还对统一全国水利机关、建议内政部草拟河防法等多项提案进行了讨论。
第四届年会于1934 年11 月17 日在江苏镇江举行。会议进行了董事会改选，张自立总干事介绍了《水利》月刊出版情况，颁发了第一次耕砚论文奖。
第五届年会于1935 年11 月9-12 日在天津举行。会议期间参加了中国第一水工试验所开幕典礼，颁发了第二次耕砚论文奖，通过了“集中水工试验工作尽先充实中国第一水工试验所”、“筹备编译全国水利丛书”等六项提案。
第六届年会于1936 年10 月10 日在西安举行。年会通过的主要提案有“拟建议政府请另筹河防经费发展水利生产事业免受牵制案”、“规定本会职业道德信条以资公守案”等。会议代表还参观了渭惠渠、泾惠渠、洛惠渠等工程。
第七届年会于1941年10月在贵阳举行。第六届年会后，由于战争影响，学会迁往重庆，年会没能连续举行。1938年李仪祉会长病逝。第七届年会提出水利建设如何为抗战服务的问题，会议的中心议题是贵州水利问题。蒋介石向本届年会致电，肯定了中国水利工程学会的成绩和作用，提出了希望和要求。
第八届年会于1942 年8 月3-5 日与中国工程师协会等在兰州联合举行。年会以讨论西北水利为重点。会议提出了“筹备普遍查勘后方水利以利制定全国水利建设初步计划”等提案。
第九届年会于1943 年10 月与中国工程师协会等在桂林联合举行。
第十届年会于1945 年6 月7-9 日在重庆举行。会议讨论修订会章，董事会、执行部改选等事项，还就关于三峡筑坝问题向政府提出“三峡应就防洪、航运、灌溉、水力统筹规划配合进行的建议”。
第十一届年会于1947 年10 月5 日在南京举行。会议报告了《水利》月刊的编辑情况和水工名词的编订情况，讨论了会费征收标准和会章修订案。
1948 年3 月，沈百先、朱士俊等人对台湾水利考察后，中国水利工程学会的活动基本停止。
中国水利学会时期（1949 － 至今）
创建阶段（1949 － 1957）
1949 年全国解放，祖国大地，满目疮痍，各项事业，百废待兴。水利工作更是急如燃眉。建国后一个多月，水利部组建后的第八天，就召开了各解放区水利联席会议。接着，毛主席、周总理对治理淮河、黄河、长江、海河等大江大河陆续作出了部署。此后，我国水利建设事业有了突飞猛进的发展。水利事业的发展必须以水利科学技术的发展为条件。
当时，党中央向全国人民发出了向科学进军的伟大号召，提出了“百花齐放、百家争鸣”的方针，国务院成立了科学规划委员会，初步制定了十二年科学发展远景规划。新的形势，为中国水利学会重建创造了极为有利的条件。
张含英、须恺、郝执斋在解放后不久就倡议筹建中国水利学会，并向有关方面做了一些联系工作，邀请一些水利科学界代表人物共同发起组织学会。从此，武汉、天津、太原、济南、西安等地的水利工作者先后筹组了分会或分会筹委会，发展了相当数量的会员。在全国科联及水利、电力、交通、科学、教育等有关部门的大力支持下，1956 年2 月在北京成立了中国水利学会筹委会。
初期发展阶段（1957 － 1966）
1957 年4 月11 日，中国水利学会第一次全国会员代表大会胜利召开。学会名称去掉“工程”二字，标志着水利科学研究在广泛性和综合性方面的重大发展。来自中央有关业务管理部门，地方水利、市政管理部门以及设计、施工、研究和教育部门的160 余位代表出席会议，这是全国水利科学技术工作者一次大的集会。水利部部长傅作义，茅以升、王明之、梁思成等到会讲话。会议讨论了张含英《中国水利学会筹备工作及今后任务》的报告，通过了《中国水利学会会章》，选举张含英为理事长，冯仲云、须恺、李锐为副理事长，郝执斋为秘书长。
中国水利学会第一次全国会员代表大会宣告了中国水利学会正式成立。之后，各地方分会改为省（自治区、直辖市）水利学会，同时有了专业委员会，共组织成立了防洪与规划、农田水利、水力发电等6 个专业委员会，成立了科普工作委员会。1963 年9 月，全国会员人数已达8000 人。
1963 年10 月25 日，中国水利学会第二次全国会员代表大会在北京召开，同时召开了综合性学术讨论会。来自全国各省、市、区水利学会和论文作者代表共计200 多人出席大会，会议听取张含英代表理事会所作的工作报告，选举产生第二届理事会，张含英连任理事长，冯仲云、何基沣、谭真、郝执斋、须恺、张子林为副理事长，袁子钧为秘书长。会议号召全体会员为迅速提高我国的水利科技水平，及时解决水利生产建设中亟待解决的科学技术问题发挥积极作用。
之后，学会组织有了蓬勃发展，学术活动也日趋活跃。
正当学会活动顺利发展的时候，却被1966 年开始的十年动乱所中断，《水利学报》停刊，学会被迫停止活动达10 多年之久。
恢复阶段（1978 － 1981）
1976 年10 月， 粉碎“ 四人帮”， 十年动乱结束。1978 年3 月，全国科学大会召开后，学会开始恢复活动。经中国科协和水电部党组同意，并与交通部、农业部协商，成立了临时常务理事会，负责学会工作领导，办事机构设在水电部科技司。学会恢复活动后，与国际学术界的交往也逐渐扩大。1980 年《水利学报》复刊，国内发行6000 余册，并与国外23 个国家进行了交换互赠。《泥沙研究》、《岩土工程学报》、《农田水利与小水电》等由学会主编或合编刊物也都陆续复刊、出刊。在中国水利学会的影响下，各地水利学会也陆续恢复，到1980 年底，全国除台湾省外，当时29 个省、市、自治区都已恢复建立了水利学会。水工结构、施工与施工机械化、岩土力学、水文、泥沙等专业委员会相继恢复和成立，并酝酿成立水力学、环境水利、地质勘测等专业委员会。
快速发展阶段（1981 － 至今）
中国水利学会第三次全国会员代表大会于1981 年2 月13 日在北京召开，有217 名代表和特邀代表出席会议。中国科协书记处书记林勃民，水利部部长钱正英、副部长李伯宁到会作了重要讲话。临时常务理事会理事长张含英作了《团结全国水利科技工作者，为实现调整时期水利任务而奋斗》的报告，总结了第二次全国会员代表大会以来，特别是1978 年恢复活动以来的工作和经验，提出了以后的工作方针和任务。会议推举张含英为名誉理事长，选举严恺为理事长，陈赓仪、张光斗、黄文熙、张昌龄、高原、陶鼎来、谢家泽、林秉南、张泽祯为副理事长，张泽祯兼任秘书长。之后，学会组织建设有了很大发展，全国各省、自治区、直辖市水利学会都先后召开了会员代表大会，健全了机构，加强了领导，中青年科技人员在理事中的比例有所增加。个人会员大幅增加并开始发展团体会员，中国水利学会专业委员会由7 个增加到14 个。学术讨论会和各种培训活动十分活跃。
学会第四次全国会员代表大会于1985 年10 月29 日在重庆召开。会议听取并审议通过了严恺理事长代表第三届理事会所作的《锐意改革，开拓前进》的工作报告；修改了章程，选举产生了第四届理事会。严恺连任理事长，杨振怀、陈赓仪、张光斗、林秉南、陶鼎来、黄家权为副理事长，戴定忠为秘书长。会议表彰了104 位从事水利工作五十年以上的老专家，表扬了84 名学会工作积极分子。
各地水利学会建立了各级学术机构和工作机构，会国会员人数由“四大”前的34000 人增加到54000 人并开始吸收外籍通讯会员，专业委员会增加到21 个，工作委员会增加2 个。1986 年5 月编辑出版了《中国水利学会成立五十五周年纪念专集》。
学会第五次全国会员代表大会于1989 年12 月24 日在北京召开。全国政协副主席钱正英、中国科协书记处书记刘恕等领导出席会议。会议听取并审议了严恺理事长代表第四届理事会所作的《深化改革 努力奋进 发挥学会在振兴水利事业中的作用》的工作报告。会议推选钱正英和严恺为名誉理事长，选举产生新一届理事会，杨振怀当选为理事长，林秉南、潘家铮、张春园、林祖乙、陈赓仪、徐乾清为副理事长，戴定忠为秘书长。
之后，学会各方面工作较快发展。个人会员人数增加到74500 多人，分支机构增加到33 个。逐c-0.6步形成了学会自主活动之后，学会在继续加强组织建设、学术交流及科学普及工作的同时，锐意改革、积极开拓，承担了部分政府委托的工作。主办了大禹水利科学技术奖，承担了水利标准化日常管理工作，承担了水利部职称考试和职称评审工作，开展了职业资格与工程教育论证的前期工作，发起并主办了“中国水博览会”。新的工作任务赋予了传统学会工作以新的内涵。
学会第九次全国会员代表大会于2009 年5 月25 日在北京召开。中国科协书记处书记冯长根、水利部部长陈雷出席会议并作重要讲话。会议听取并审议了敬正书理事长代表第八届理事会所作的《开拓进取 奋发有为 进一步开创学会工作新局面》的工作报告；会议修改了章程，选举产生新一届理事会，推选汪恕诚、陈雷、朱尔明、高安泽为名誉理事长。
敬正书再次当选为理事长，顾浩为常务副理事长，匡尚富、张建云、沈凤生、曹广晶、马建华、薛松贵、王乘、雷志栋、殷保合、晏志勇为副理事长，李赞堂连任秘书长。
