为实施“科教兴国”战略，充分发挥科技奖励的激励和导向作用，鼓励和引导广大水利科技工作者献身水利科学技术事业、勇攀水利科技高峰，推动行业科技进步和水利事业的发展，在水利部科技进步奖取消以后，根据水利行业内各有关单位和众多专家的意见，按照国家《社会力量设立科技奖管理办法》的规定，由学会牵头申请设立的“大禹水利科学技术奖”，于2002年3月28日获得国家批准。

“大禹水利科学技术奖”是面向全国水利行业的行业科学技术奖。它突破了以往部门科技进步奖的地区、部门界限，将奖励对象确定为凡为水利事业发展和水利科技进步做出贡献的单位和个人，奖励经实践证明具有重大经济效益、社会效益和生态效益的科技成果。学会以跨行业、跨地区、跨部门和联系广泛的特点，以五湖四海的胸襟和海纳百川的气度，通过通畅而严格的申报渠道，将那些创新力度大、科技含量高、综合效益好，对水利技术创新与行业科技进步有重要贡献的重大成果推荐上来，进入评审程序。学会始终将科学、公正作为大禹水利科学技术奖的生命线，把大禹水利科学技术奖办成水利行业最具权威性和影响力的科技奖。