根据上述职责，地区国土资源局设内设科室6个，独立设置纪检监察室：
（一）办公室（挂组织人事教育室牌子）
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担翻译、信息、安全保密和政务公开工作；承担机关综合业务与协调处理、机关精神文明建设、社会治安综合治理工作；负责机关后勤管理；负责国土资源史志编纂工作。
负责地区国土资源系统思想政治建设和队伍建设。负责局机关及直属单位的机构编制、人事、工资管理、劳动和社会保障等工作。
按照干部管理权限，负责县（市）国土资源部门领导干部档案管理；按照干部管理权限，负责县（市）国土资源部门领导班子建设，干部队伍管理等工作；按照干部管理权限，负责地区国土资源系统出国（境）人员的政审工作。
负责编制并组织实施地区国土资源系统宣传、教育培训规划、计划；指导县（市）国土资源局精神文明建设。
负责机关及直属单位的党群工作；指导县（市）国土资源主管部门党的工作。
（二）规划地籍管理科（挂不动产登记科牌子）
负责编制和实施地区国土资源发展规划及土地利用总体规划、矿产资源总体规划、基础测绘规划；编制并组织实施土地利用年度计划；指导和审核土地利用总体规划的修改或调整；指导和审核基本农田保护规划、土地复垦规划、土地整理规划、未利用土地开发规划等专项规划；对建设用地进行预审；参与报自治区人民政府审批的城市总体规划的审核。
拟定地区地籍工作计划；拟定地区土地利用现状调查、地籍调查、变更调查、动态监测和统计的有关规定并组织实施；负责自治区土地确权、登记、发证工作；指导地区地籍管理信息系统的建设和应用；承担各类土地登记资料的管理和应用；参与调处跨地（州、市）、县（市）及有重大影响的土地权属纠纷。承担综合统计工作和内部专业统计归口管理工作。
依据《不动产登记暂行条例》负责指导监督全地区土地、房屋、林地、草原、水域等不动产登记发证工作；会同有关部门贯彻落实国家、自治区不动产统一登记的法律法规，负责地区相关不动产登记规范性文件的制定，建立地区不动产统一登记制度；负责与相关部门建立协调配合机制，落实不动产权属争议调处政策；参与调处跨地（州、市）、县（市）及有重大影响的权属纠纷；承办不动产登记人员上岗培训、资格审核等工作。
承担不动产信息系统管理。负责指导、规范不动产登记信息管理基础平台建设与应用；负责建立不动产信息公开查询系统，实行信息互通共享工作。
按照规定权限，会同相关部门负责应由地区本级登记造册、核发权利证书的不动产确权登记工作；执行国家、自治区不动产登记管理办法和权籍管理技术规范，负责制定地区相关制度并组织实施；会同地区林业部门负责县（市）人民政府确定的国有重点林区森林、林地、林木的登记发证；承担综合统计工作和内部专业统计归口管理等工作。
（三）耕地保护利用科（挂政策法规执法监察科牌子）
承担耕地和基本农田保护、土地整治工作；承担耕地保护责任目标考核有关工作；监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况。承办建设项目耕地占补平衡方案审查及落实、耕地占补平衡项目储备库检查验收工作；组织基本农田划定、检查、验收。
承担城乡土地市场管理工作；规范土地使用权出让、租赁、作价出资和转让行为；拟订并实施土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理政策；拟订并实施土地开发利用标准；承担节约集约用地评价以及城镇土地和农用地的分等定级工作，组织开展基准地价、标定地价等评测；对土地市场和地价实施动态监测；拟定和组织实施农村集体非农建设用地土地使用权的流转管理办法。
拟定有关农用地转用、土地征收、征用的管理办法并组织实施；依法组织承办农用地转用、土地征收征用等建设用地审查报批工作；参与国家用地转用年度计划、分类计划的实施；依法协助收缴有关土地征收征用的费用；会同有关部门拟定工程项目建设用地定额标准，并组织实施；参与监督补充耕地方案的实施；负责自治区和地区重点建设项目及大中型基础设施项目建设用地的调查、协调、监督工作。
负责拟订地区土地整治项目规划及年度计划；组织实施国家、自治区和地区投资的土地整治项目立项和上报；负责地区土地整治项目的组织评审及监督检查、验收工作；法律法规和主管部门委托的其他业务工作。
组织起草地区国土资源管理工作改革与发展战略和综合性土地资源、矿产资源政策草案；组织协调行署有关地方性法规和规章的起草工作；承担机关规范性文件的合法性审核工作；负责组织有关法律、法规的宣传教育；承担行政复议、行政诉讼和行政处罚听证有关工作；负责地区国土资源系统依法行政工作。
组织指导对地区土地资源、矿产资源、测绘地理信息法律法规执行情况的监督检查；拟定土地、矿产、测绘地理信息执法监督和违法案件查处的规范性文件；依法组织查处地区重大土地、矿产、测绘地理信息违法案件。
（四）地质勘查（环境）管理科
指导参与地质勘查规划的编制和监督实施；调处地质勘查权属争议和纠纷，维护正常的勘查秩序；组织地质勘查专项资金项目的申报和立项；检查督促探矿权人履行法定义务；对拟设、延续、变更、转让探矿权提出调查意见。
指导地质资料汇交管理和矿产资源储量报告的评审工作并负责备案；承担矿产资源储量的登记、统计和矿山储量动态监督管理；指导健全地区矿产资源储量评审专家系统，编制矿产资源储量简表和年报。
负责编制地区地质灾害防治专项规划、地质环境专项规划；负责地质灾害防治、矿山地质环境保护、地质遗迹保护与开发的管理；负责地质灾害相关资质的管理；负责指导地区地质环境监测站管理及监测、调查评价、预报等工作。
（五）矿产开发管理科
承担自治区国土资源厅发证的矿山企业，采矿许可证延续、变更、转让的采矿权人履行义务的调查意见，调处重大采矿权权属纠纷、争议；负责组织编制实施地区矿产资源开发利用规划；实施矿山企业矿产资源开发利用情况年度检查；组织查处破坏、浪费矿产资源的违法活动；指导和监督各县（市）国土资源局对矿山企业“三率”指标的制定和考核工作；大力推进矿产资源节约集约和综合利用；审查汇总矿山企业矿产资源开发利用情况统计年报及分析报告；负责矿产资源节约与综合利用专项资金项目的立项、实施及验收。
加强矿产资源补偿费等各类规费的征收、使用管理，对跨县（市）及难以征收矿产资源补偿费的矿山企业进行直接征收;维护国家对矿产资源的所有权，促进矿产资源的勘查、开发利用和保护。
（六）财务审计科
负责国土资源各类资金的财务管理，参与土地、矿产测绘地理信息等资源性资产和国家出资形成的矿产权权益的有关工作；承担和参与国土资源非税收入征管，参与拟定有关收益分配制度；监督检查项目资金的使用；承担有关专项资金、基金和工作经费的管理，负责部门预决算、政府采购、国库集中支付有关工作；组织拟定系统有关财务资产管理规章，负责机关财务及资产管理，承担所属单位财务及国有资产监管工作。
拟定系统审计工作制度；对直属单位和县（市）国土资源局财务状况进行检查；对自治区下拨的国土资源工作经费、测绘地理信息经费和各项专项资金使用情况进行审计和监督检查。
纪检监察室：负责局机关、直属事业单位及全系统党风廉政建设，党的纪律检查和行政监察工作，履行党的纪律检查和政府行政监察职能。研究制定本系统、本行业预防和治理腐败的措施。监督、检查本部门及所属系统党风廉政建设责任制执行情况。协助局党组和领导班子抓好纠正部门和行业不正之风工作，会同有关部门对党员、干部进行党纪、政纪教育。调查处理、监察对象违反党纪、政纪的案件。受理本部门及所属系统检查、监察对象的检举控告及其不服处分的申诉。指导所属系统党的纪检监察工作。
