根据上述职责，玉溪市红塔区审计局机关设6个内设机构。

（一）办公室

负责机关文电、会务、机要、档案、保密、信访、宣传、政务公开、目标绩效管理、信息、固定资产，财务和后勤服务、综合协调和督促检查工作；负责审计统计工作及内部审计管理，汇总编制审计统计报表；负责全局审计系统信息化建设和发展规划的组织、指导和监督工作；负责计算机技术的引进、培训、交流、推广和运用工作；负责计算机网络系统的管理；为股室提供计算机办公和审计技术指导；承担机关和所属单位的机构编制、人事劳资、社会保障等工作。

（二）综合法规股

负责对有关审计的法律法规、方针政策的宣传贯彻工作；承担对本局起草的规范性文件进行合法性审核；审理有关审计业务事项，检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题；依法办理区人民政府裁决的有关事项；承办应复应诉案件；配合有关部门查处相关重大案件；负责财经审计法规的收集、汇编、调研和咨询。

（三）财政金融审计股

负责审计区本级预算执行和其他财政收支情况；区地税局、区财政局的预算收支审计工作；负责审计乡人民政府、街道办事处预算执行、决算和其他财政收支情况；负责审计区财政局及其下属单位的财务收支；负责审计上级审计机关授权的地方金融机构、保险机构的资产负债损益情况、信贷计划执行结果、审计对非银行金融机构的财务收支；开展有关专项审计调查。

（四）经济责任审计股

负责对区管领导干部和依法属于区审计局审计对象的其他单位主要负责人实施经济责任审计；负责编报年度领导干部经济责任审计年度计划，制定领导干部经济责任审计工作方案；承担区领导干部任期经济责任审计工作领导小组办公室日常工作；负责协调、调研、收集、汇总经济责任审计相关工作情况；开展有关专项审计调查。

（五）固定资产投资审计股

负责监督全区固定资产投资项目的前置、预算执行、跟踪和决算；负责审查投资概算、拦标价（招标控制价）、工程量清单和标底、招投标文件的编制和合同签订，以及政府投资建设项目设计变更，现场签证，合同、协议的修改、补充及其他事项的真实性、合法性和效益性；负责编报前置审计或跟踪审计年度计划，制定年度审计工作方案，协调、调研、收集、汇总前置审计或跟踪审计相关工作情况；开展有关专项审计调查。负责全区固定资产投资项目竣工决算（结算）审计，负责审查投资项目决算（结算）的真实性、合法性和效益性；开展有关专项审计调查。

（六）行政企事业审计股

负责审计区直党群、政法、科教文卫等部门及其下属单位、以及其他行政事业单位的预算执行、决算和财政财务收支；负责审计区级部门及其下属单位预算执行、决算和其他财政财务收支；负责审计区直主管部门和乡人民政府、街道办事处管理的区级专项资金（基金）等各类专项资金（基金）有关专项审计调查。