有三种主要的光纤通道拓扑，描述了多个端口如何连接在一起。

光纤通道术语中的端口是通过网络主动通信的任何实体，不一定是硬件端口。此端口通常在磁盘存储，服务器上的HBA或光纤通道交换机的设备中实现。

光纤信道点到点

两个设备彼此直接连接。这是最简单的拓扑，但是具有有限的连接。

光纤信道仲裁循环

在此结构中，所有设备都处于环路或环路中，类似于令牌环网络。从环路中添加或删除设备会导致环路上的所有活动中断。一个设备的故障会导致环路中断。存在光纤通道集线器以将多个设备连接在一起并且可以绕过故障端口。也可以通过将每个端口布线到环中的下一个来实现环路。

包含仅两个端口的最小环路与点对点类似，在协议方面显着不同。只有一对端口可以在环路上同时通信。最大速度为8GFC。

但是仲裁环路在2010年后很少使用。

光纤信道交换结构

在此结构中，所有设备都连接到光纤通道交换机，在概念上类似于现代以太网实现。该拓扑相对于点对点或仲裁环的优点包括：

1、该结构可以扩展到数万个端口。

2、交换机管理状态，通过最短路径优先（FSPF）提供优化的路径。

3、两个端口之间的流量通过交换机，而不是通过任何其他端口。

4、端口的故障与链路隔离，不应影响其他端口的操作。

5、多对端口可以在结构中同时通信。