1．审计准备。
审计准备主要是收集资料，编写计划，明确审计的目的、所涉及的范围和功能、要接触的部门、要通知的人、要审阅的文件；围绕审计依据收集政府条令、合同协议、指令文件、工程图纸、采购指令等；按照审计计划编制检查提纲，列出需要审计的主要项目和要审计的专题。
2.实施审计。
实施审计过程中，当发现明显偏差时，应与现场管理人员进行讨论，对照程序款项详细记录，取得客观证据。
3．提出偏差报告。
这是内部审计的基本文件。偏差是指相对于程序条款的一种不合格情况。偏差报告应由被审计人员书面答复，审计员对其进行审查，如不符合要求则退回重新答复直到满意为止。如被认可，则进入验证阶段，进行现场复查，以证实偏差已被修正。
4．审计报告发生后的跟踪。
纠正措施开始后，审计员应进行跟踪以巩固审计成果，维护审计的权威性。
5．建立审计档案。
提纲、调查结果、所有的审计状态报告形成档案保存。
