大型水库、防洪、供水等关系重大的水利工程以及跨流域调水控制工程，由省水行政主管部门负责统一管理。受益和影响在两个县以上、一个州 （地、市） 范围内的水利工程，由州 （地、市）水行政主管部门负责统一管理。受益和影响在两个乡 （镇） 以上、一个县范围内的水利工程，由县水行政主管部门负责统一管理。对于农田灌溉骨干工程 （万亩以上灌区）由县级以上水行政主管部门负责统一管理。跨村的公益性水利工程由县级水行政主管部门委托的乡镇水管站负责统一管理。对不符合水利工程分级管理原则的，应予尽快调整，并落实管理责任。各级人民政府应依法保障本行政区域内水利工程的安全。各级水行政主管部门对辖区内各类水利工程负有行业管理责任，负责监督检查水利工程的管理养护和安全运行，对其直接管理的水利工程负有监督资金使用和资产管理责任。各级水行政主管部门要按照政事分开、政企分开的原则，转变职能，改善管理方式，提高管理水平。
水利工程管理单位具体负责水利工程的管理、运行和维护，保证工程安全和发挥效益。
水行政主管部门管理的水利工程出现安全事故的，要追究水管单位、水行政主管部门和当地政府负责人的责任；其他单位管理的水利工程出现安全事故的，要追究业主和有关主管部门的责任。
1、划分水管单位类别和性质。根据水管单位的任务和收益状况，将现有水管单位分为三类：
第一类为纯公益性水管单位。指承担防洪、排涝功能的，如河道堤防、水库、农业灌溉骨干工程、水土保持、水资源保护等水利工程管理运行维护任务的水管单位，称为纯公益性水管单位，定性为事业单位。
第二类为准公益性水管单位。指承担既有防洪、排涝、水资源调控等公益性任务，又有供水、水力发电等经营性功能的，如水库、农业灌溉、跨乡镇人畜饮水骨干工程等水利工程管理运行维护任务的水管单位，称为准公益性水管单位。准公益性水管单位依其经营收益情况确定性质，不具备自收自支条件的定性为事业单位；具备自收自支条件的，定性为企业。已转制为企业的，维持企业性质不变。
第三类为经营性水管单位。指承担城市供水、水力发电等水利工程管理运行维护任务的水管单位，称为经营性水管单位，定性为企业。水管单位的具体性质由机构编制部门会同同级财政和水行政主管部门负责确定。
2、严格定编定岗。事业性质的水管单位，其编制由机构编制部门会同同级财政部门和水行政主管部门核定。实行水利工程运行管理与维修养护分离后的维修养护人员、准公益性水管单位中从事经营性资产运营和其他经营活动的人员，不再核定编制。各水管单位要根据国务院水行政主管部门和财政部门共同制定的 《水利工程管理单位定岗标准》，在批准的编制总额内合理定岗。
1、根据水管单位的性质和特点，分类推进人事、劳动、工资等内部制度改革。事业性质的水管单位，要按照精简、高效的原则，撤并不合理的管理机构，严格控制人员编制；在按需设岗的基础上，全面实行聘用制，按岗聘人，职工竞争上岗，并建立严格的目标责任制度；水管单位负责人由主管部门通过竞争方式选任，定期考评，实行优胜劣汰。事业性质的水管单位仍执行国家统一的事业单位工资制度，同时鼓励在国家政策指导下，探索符合市场经济规则、灵活多样的分配机制，把职工收入与工作责任和绩效紧密结合起来，根据生产特点、人员构成、经费来源等实际情况，实行档案工资与实际收入相分离的分配制度，使内部分配向生产一线、关键岗位、优秀人才和有突出贡献的人员倾斜。
企业性质的水管单位，要按照产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学的原则建立现代企业制度，构建有效的法人治理结构，做到自主经营，自我约束，自负盈亏，自我发展；水管单位负责人由企业董事会或上级机关依照相关规定聘任，其他职工由水管单位择优聘用，并依法实行劳动合同制度，与职工签订劳动合同；要积极推行以岗位工资为主的基本工资制度，明确职责，以岗定薪，合理拉开各类人员收入差距。
要努力探索多样化的水利工程管理模式，逐步实行社会化和市场化。对于新建工程，应积极探索通过市场方式，委托符合条件的单位管理水利工程。
2、规范水管单位的经营活动，严格资产管理。准公益性水管单位要在科学划分公益性和经营性资产的基础上，对内部承担防洪、排涝等公益职能部门和承担供水、发电及多种经营职能部门进行严格划分，将经营部门转制为水管单位下属企业，做到事企分开、财务独立核算。鼓励财政全额拨款的纯公益性水管单位和事业性质的准公益性水管单位兴办多种经营项目，增加收入，增强自身发展能力。
各级人民政府要按照水利国有资产监督管理的有关规定，加强水利国有资产管理，明确国有资产出资人代表。
各级水行政主管部门受同级人民政府委托，对所属水管单位国有资产的占有、使用、经营实施管理。
水管单位对其占有、使用的公益性资产和经营性资产进行管理和运营，承担国有资产的保值增值责任。
加强国有水利资产管理，确保国有水利资产安全运行和有效使用。各水管单位要制定和完善国有水利资产管理办法，落实资产管理责任制，努力提高国有水利资产的使用效益。
3、强化水利工程目标管理。全面推行水利工程目标管理，严格按照考核标准，加强水利工程管理考核评定工作，规范管理，提高管理水平。
逐步推行水利工程管理与维修养护分离，提高养护水平，降低运行成本。推行管养分离一般可分三步走：第一步，在水管单位内部实行管理与维修养护机构、人员、经费分离。第二步，将维修养护部门与水管单位分离，但仍以承担原单位的养护任务为主。第三步，将工程维修养护业务从所属水管单位彻底剥离出来，水管单位通过招标方式择优确定维修养护企业，使水利工程维修养护走上社会化、市场化和专业化的道路。有条件的地方也可以一步到位，彻底分离。为保障水利工程管养分离的顺利实施，各级财政应根据财力状况核定水利工程维修养护资金，并保证资金足额到位。各级政府和水行政主管部门以及有关部门应当努力创造条件培育维修养护市场主体，规范维修养护市场秩序。
1、逐步理顺水价。水利工程供水水费为经营性收费。供水价格要按照补偿成本、合理收益、优质优价、节约用水、公平负担的原则核定。对农业用水和非农业用水要区别对待，分类定价。农业用水水价要按补偿供水成本、费用的原则核定，不计利润和税金。非农业用水 （不含水力发电用水）水价在补偿成本、费用、计提合理利润的基础上确定。
水利工程供水价格采取统一政策、分级管理方式，区分不同情况实行政府指导价或政府定价。省直属水利工程、跨州 （地、市）水利工程及用水方行政隶属关系或控股单位不在同一州（地、市）的水利工程，供水价格由省价格主管部门商同级水行政主管部门核定；州 （地、市）管辖的水利工程供水价格由州 （地、市）价格主管部门商同级水行政主管部门核定。农村机井灌溉供水价格，乡镇及农村人畜饮水供水价格由县（市）价格主管部门商同级水行政主管部门核定。
2、强化计收管理。水利工程供水水费实行计量收费。农业供水要改进计量设施和方法，实行计量收费。积极培育农村用水户合作组织。非农业用水必须安装计量设施，无计量设施的要限期安装。改进水费收费办法，减少收费环节，逐步实行水费自收，提高缴费率。严禁乡村两级在代收水费中任意加码、搭车收费和截留。实行计划用水、节约用水、定额管理，用水户超定额用水实行累进加价。供水单位与用水户要通过签订供水合同，规范双方的责任和权利。充分发挥用水户的监督作用，促进供水经营者降低供水成本。
1、根据水管单位不同类别和性质，采取不同的财政补助政策和拨款方式。纯公益性水管单位，在严格水管单位人员编制管理的基础上，其编制内在职人员经费、离退休人员经费、公用经费等基本支出由同级财政负担。工程日常维修养护经费在水利工程维修养护岁修资金中列支。工程更新改造费用纳入基本建设投资计划，由计划主管部门在非经营性资金中安排。
事业性质的准公益性水管单位，其编制内承担公益性任务的在职人员经费、离退休人员经费、公用经费等基本支出，以及公益性部分的工程日常维修养护等项支出，由同级财政根据该单位收支情况核定负担，更新改造费用纳入基本建设投资计划，由计划部门在非经营性资金中安排。经营性部分的工程日常维修养护经费由企业负担，更新改造费用在折旧资金中列支，不足部分由计划部门在非经营性资金中安排。事业性质的准公益性水管单位的经营性资产收益和其他投资收益要纳入单位的经费预算。各级水行政主管部门应及时向同级财政部门报告该类水管单位各种收益的变化情况，以便财政部门实行动态管理，并适时调整核定财政补贴额度。
企业性质的水管单位，其所管理的水利工程的运行、管理和日常维修养护资金由水管单位自行筹集，财政不予补贴。企业性质的水管单位要加强资金积累，提高抗风险能力，确保水利工程维修养护资金的足额到位，保证水利工程的安全运行。
水利工程维修养护资金数额，由财政部门会同同级水行政主管部门依据 《水利工程维修养护定额标准》确定。
2、积极筹集水利工程维修养护岁修资金。为保障水利工程管理体制改革的顺利推进，各级政府要合理调整水利支出结构，积极筹集水利工程维修养护岁修资金。各级水利工程维修养护岁修资金来源为：各级财政预算资金；水利建设基金的30%。水利工程的维修养护岁修资金实行分级筹措，分级负担。省级维修养护岁修资金主要用于省属水利工程的维修养护；州 （地、市级维修养护岁修资金主要用于州 （地、市）属水利工程的维修养护；县级维修养护岁修资金主要用于县属水利工程的维修养护。
3、改革财政拨款方式。在严格水管单位人员编制和科学制定维修养护定额标准的基础上积极有序地对财政拨款方式加以改革，逐步将现行的对水管单位补助形式转变为按部门预算拨付水管单位人员经费、公用经费，在水利工程维修养护定额内，根据水利工程状况拨付维修养护资金。
4、严格资金管理。所有水利行政事业性收费均实行 “收支两条线”管理。经营性水管单位和准公益性水管单位所属企业必须按财政部颁发的 《水管单位财务会计制度》 规定提取工程折旧。工程折旧资金、维修养护经费、更新改造经费要做到专款专用，严禁挪作他用。各有关部门要加强对水利工程管理经费的落实情况、水管单位各项资金使用情况的审计和监督检查。
1、妥善安置分流人员。水行政主管部门和水管单位要在定编定岗的基础上，广开渠道，妥善安置分流人员。支持和鼓励分流人员大力开展多种经营，特别是旅游、水产养殖、农林畜产和建筑施工等具有行业自身优势的项目。利用水利工程的管理和保护区域内的水土资源进行生产或经营的企业，优先安排水管单位分流人员。在清理水管单位现有经营性项目的基础上，把部分经营性项目的剥离与分流人员的安置结合起来。在分流人员的安置过程中，各级政府和水行政主管部门要积极做好统筹安排和协调工作。
2、积极落实社会保障政策。各类水管单位应按照有关法律、法规和政策参加所在地的基本医疗、失业、工伤、生育等社会保险。在全国统一的事业单位养老保险改革方案出台前，保留事业性质的水管单位仍维持现行养老制度。各地应做好转制前后离退休人员养老保险待遇的衔接工作。
在实行水利工程管理体制改革中，为安置水管单位分流人员而兴办的多种经营企业，符合国家有关税法规定的，经税务部门核准，执行相应的税收优惠政策。
进一步完善新建水利工程的建设管理体制。全面实行建设项目法人责任制、招投标制和工程监理制，落实工程质量终身责任制，确保工程质量。新建水利工程要实行建设与管理的有机结合，在编制可行性研究报告的同时要制定管理方案，核算管理成本，明确工程的管理体制、管理机构和运行管理经费来源，对没有管理方案的建设项目不予审批。在工程建设过程中，管理设施与主体工程要同步实施，管理设施不健全的工程不予验收。工程竣工前，要完成该工程的确权划界工作。
改革小型农村水利工程管理体制。以有利于工程效益的发挥，有利于水利工程的管护、维修和更新改造，有利于调动经营者的积极性为原则，采取多种形式积极推进产权制度改革。小型农村水利工程要按照落实管理主体、明确管理责任、提高管理效益的总体要求，明晰所有权，搞活经营权，探索建立以各种形式农村用水合作组织为主的管理体制。推行竞价承包、租赁、拍卖、股份合作等灵活多样的经营方式和运行机制。加强改制回收资金的管理，专款用于发展农村水利，实行滚动发展。完善管理措施，强化服务功能，加强改制后的行业管理。
1、加强环境保护。水利工程的建设与管理要遵守国家环保法律法规，符合环保要求，着眼于水资源的可持续利用。进行水利工程建设，要严格执行环境影响评价制度和环境保护 “三同时”制度。水管单位要做好水利工程管理范围内的防护林 （草）建设和水土保持工作，并采取有效措施，保障下游生态用水需要。水管单位开展多种经营活动应当避免污染水源和破坏生态环境。环保部门要组织开展有关环境监测工作，加强对水利工程及周边区域环境保护的监督管理。
2、强化安全管理。水管单位要强化安全意识，加强对水利工程的安全保卫工作，确保安全运行。利用水利工程管理和保护区域内的水土资源开展的旅游等经营项目，要在确保水利工程安全的前提下进行。水利工程原则上不得作为主要交通通道；大坝坝顶、河道堤顶或戗台确需兼作公路的，需经科学论证和有关主管部门批准，并采取相应的安全措施；未经批准，已作为主要交通通道的，对大坝要限期实行坝路分离，对堤防要限制交通流量。各级地方政府要按照国家和省上的有关规定，支持水管单位尽快完成水利工程的确权划界工作，明确水利工程的管理和保护范围。
加快制定和完善水利工程管理的有关政策、法规，为水利工程管理体制的改革提供保障。各级水行政主管部门和水利工程管理单位要严格执行各项法律、法规，坚持依法行政，依法管理，加大执法力度，做到有法必依、执法必严、违法必究。依法维持水事秩序，维护水利工程的安全。
