省政府成立水利工程管理体制改革领导小组，负责全省水管体制改革工作。领导小组下设办公室，负责日常工作。各有关部门要坚持按照各自的分工，确保各项工作和措施到位，保障水管体制改革的顺利进行。各州 （地、市）、县水管单位体制改革工作应在州（地、市）、县人民政府的统一领导下进行。各级人民政府要切实加强对水利工程管理体制改革工作的领导，依据本实施意见，结合本地实际，制定具体的实施方案，并认真组织实施。
省属水管单位的体制改革工作由省水利厅具体负责，省有关部门、水管单位所在地政府及有关部门要积极做好配合工作。
各级水行政主管部门和水管单位要认真组织落实改革方案，并做好职工的思想政治工作，积极稳妥进行改革，确保水管体制改革的顺利进行和水利工程安全运行。
各地要在认真制定改革实施方案的基础上，制定周密的工作计划，完善工作程序，规范工作制度，有计划、有步骤地推进改革。各级政府要积极开展试点工作，以点带面，全面推进，为推进改革提供经验。坚持一切从实际出发的原则，既大胆借鉴事业单位和国有企业改革的成功经验，又立足于水利行业和本单位的实际。根据各水管单位所承担的任务和人员、资产的现状，实行分类指导。对改革中出现的问题，要及时研究，提出解决办法。
水管体制改革要与各级事业单位改革同步进行。省确定的改革试点单位所在地政府要按时完成定性、定编定岗、经费测算，并制定具体的实施计划。2004年，完成省、州 （地、市）级水利工程管理体制改革，将省管事业性质的水利工程和有条件的州、县管水利工程的各项财政性资金纳入财政预算。2005年，完成县、乡水利工程管理体制改革，各项财政性资金全部落实到位。2006 年，完成水利工程管理体制改革工作验收。
改革工作分三个阶段进行：
1、组织准备阶段。主要任务是宣传发动，组建领导机构，开展调查摸底及试点工作。
2、具体实施阶段。主要任务是制定改革计划，全面落实实施方案。
3、验收总结阶段。主要任务是组织验收，全面总结。
