根据《国务院办公厅关于印发建设部职能配置内设机构和人员编制规定的通知》（国办发〔1998〕86号），建设部设12个职能司（厅）：
（一）办公厅
负责机关政务工作的组织协调、文电处理和对外联络工作；负责新闻宣传；负责部重要会议的组织协调；负责机关文书档案管理、行政财务和信访工作；负责部机关并指导直属单位的保卫、保密工作；管理城市建设档案。
（二）综合财务司
组织编制部管各行业的发展战略、中长期规划；组织编制行业技术引进规划；管理行业的统计、信息工作；负责本部各项资金和国有资产管理。
（三）政策法规司
组织拟定部管各行业方针政策、改革方案并指导实施；组织研究重大的综合性政策问题，起草部重要文稿；拟定建设立法规划和计划，组织法律法规和规章的起草、审查、报批；负责建设法规的解释、清理、汇编工作；指导建设行政执法、行政执法监督、行政复议和行政诉讼。
（四）科学技术司
组织拟定部管各行业的科技发展战略、规划；编制和组织实施行业重点科技发展项目计划；组织重大科技项目研究开发；组织编制技术引进规划和计划；组织国际科技合作项目的实施及引进项目的消化、吸收、创新工作；管理行业科技成果；指导重大科技成果的转化推广。
（五）标准定额司
组织拟定工程建设国家标准、全国统一定额，建设项目评价方法、经济参数和建设标准、建设工期定额、建设用地指标；拟定工程造价管理的规章制度；组织拟定部管行业工程标准、经济定额和产品标准，指导产品质量认证工作；监督指导各类工程建设标准定额的实施；拟定工程造价咨询单位的资质标准并监督执行；提出工程造价专业技术人员执业资格标准。
（六）建筑管理司
指导和规范全国建筑市场，拟定规范建筑市场各方主体的市场行为以及工程招标投标、建设监理、建筑安全生产、建筑工程质量、合同管理和工程风险管理的规章制度并监督执行；组织或参与工程重要质量、安全事故的调查处理；组织协调建筑企业参与国际工程承包、建筑劳务合作；提出建筑业中长期规划、改革方案、规章、技术政策；拟定建筑施工企业、建筑安装企业、建筑制品企业、建设监理单位资质标准并监督执行；提出施工和监理等专业技术人员执业资格标准。
（七）勘察设计司
拟定全国工程勘察设计咨询市场规章制度并监督执行；提出工程勘察设计咨询业改革方案、产业政策、规章制度、技术政策；组织全国工程建设标准设计的审定、编制和推广；拟定各类房屋建筑及其附属设施和城市市政设施的建设工程抗震设计规范；指导城市地下空间的开发利用；拟定勘察设计咨询单位的资质标准并监督执行；提出勘察设计咨询业专业技术人员执业资格标准。
（八）城乡规划司（村镇建设办公室）
研究拟定全国城市发展战略及城市、村镇规划的方针、政策和规章制度；组织编制和监督实施全国城市和村镇体系规划；负责国务院交办的城市总体规划、省域城镇体系规划的审查报批；参与土地利用总体规划的审查；承担对历史文化名城相关的审查报批和保护监督工作；指导全国城市规划执法监察；指导城市和村镇规划、城市勘察和市政工程测量工作；提出村镇建设的方针、政策、规章；承担建设部村镇建设指导委员会的日常工作；拟定规划单位的资质标准并监督执行；提出城市规划专业技术人员执业资格标准。
（九）城市建设司
研究拟定城市建设和市政公用事业的发展战略、中长期规划、改革措施、规章；指导城市供水节水、燃气、热力、市政设施、公共客运、园林、市容和环卫工作；指导城市规划区的绿化工作；负责对国家重点风景名胜区及其规划的审查报批和保护监督工作；指导城市规划区内生物多样性工作；指导城市规划区内地下水的开发利用与保护；指导城市市容环境治理和城建监察。
（十）住宅与房地产业司（住房制度改革办公室）
指导规范房地产市场；指导城镇土地使用权有偿转让和开发利用工作；提出住宅建设与房地产业的中长期规划和科技发展战略、产业政策和规章，拟定住宅建设、房屋拆迁、房地产开发、房地产市场、房地产评估、物业管理的规章制度并监督执行；指导全国住宅建设和住房供应政策的实施；拟定房地产开发企业、物业管理企业、社会中介服务机构的资质标准；提出房地产估价专业技术人员执业资格标准；贯彻落实国家关于推进城镇住房制度改革的方针、政策和措施；指导城镇住房制度改革工作；负责住房公积金和其他房改资金的政策指导并监督使用。
（十一）外事司
拟定本部外事工作的规章制度，编制年度外事计划，管理外事经费，归口管理与外国政府、民间和国际组织以及香港特别行政区及澳门、台湾的合作与交流。
（十二）人事教育司
负责部机关、直属事业单位人事劳资和机构编制管理；组织拟定部管行业工程劳保费标准和职业技术标准、规范并指导实施；组织拟定部管各行业的专业技术人员执业资格标准并指导实施；组织拟定部管各行业专业技术职称标准，指导部管各行业科技人才队伍建设工作；组织拟定高等院校建设类专业的教育标准、评估标准和培养规格；管理部属高等院校。
机关党委。负责部机关和在京直属单位的党群工作 。
