根据上述职责，万宁市国土环境资源局内设10个股级职能机构：

（一）万宁市国土环境资源局办公室。

负责印章、公文、财务、资料统计、安全保卫、档案、财产物资、车辆、后勤保障、劳动纪律管理；抓好计划生育与青、工、妇工作；协助局领导做好对外联络和协调、督查各股工作及局下达各项工作任务。

（二）万宁市国土环境资源局法规监察股。

监督检查本系统有关法律、法规、规章的执行情况；指导监督对违法用地、违法开采矿产资源、污染环境、破坏生态等案件的查处情况；承担群众来信来访；承办行政复议案件应诉工作；监督审查有关行政处罚决定，承担本系统普法工作及局下达的其他工作任务。

（三）万宁市国土环境资源局规划股。

负责制订土地、环境和资源开发与保护规划，实施建设项目规划预审及监督管理，负责乡（镇）土地利用总体规划审批及局下达的其他工作任务。

（四）万宁市国土环境资源局耕地保护股。

贯彻实施耕地特殊保护和耕地开发政策、农地保护和土地整理政策，农地转用管理办法，落实农地用途管制政策，负责项目用地征收和报批并出让工作。负责组织基本农田保护及局下达的其他工作任务。

（五）万宁市国土环境资源局土地利用管理股。

负责土地使用权流转审批和土地开发利用管理工作；负责闲置土地处置；负责国有土地用途改变审批，审核基准地价和标立地价的测评，审核评估机构从事土地评估的资格；负责土地使用权价格管理，指导农村集体非农土地使用权的流转管理工作及局下达的其他工作任务。

（六）万宁市国土环境资源局地籍管理股。

组织实施土地资源现状调查、动态监测、地籍调查、土地变更调查、确认及土地统计工作；负责土地确权、登记发证；负责土地权属调处工作；负责城乡地籍管理、土地抵押登记及局下达的其他工作任务。

（七）万宁市国土环境资源局测绘管理股。

审查测绘队伍的测绘资质，办理测绘资质认证与测绘任务登记，监督检查测绘产品质量；管理测绘市场，协调测绘业务；负责本市地图编制出版管理工作和测绘成果资料的管理；负责本市行政区域内各类测量标志的管理；负责建立本市基础地理信息系统及局下达的其他工作任务。

（八）万宁市国土环境资源局污染控制股。

监督管理全市污染防治及实施防治计划、排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理；组织协调重点流域水污染防治工作；负责城市环境综合整治定量考核工作和环保目标责任制考核工作；调处重大环境污染事故与纠纷；负责环保宣传业务培训及局下达的其他工作任务。

（九）万宁市国土环境资源局生态环境保护股。

负责实施环保规划、建设项目环保审查及环境影响报告文件的审批；负责建设项目环境保护施竣工验收；负责生物多样性保护；负责湿地环境保护、陆源污染、海洋环境防治工作；负责农村生态环境保护；依法调处生态破坏事件及局下达的其他工作任务。

（十）万宁市国土环境资源局矿产资源管理股。

负责矿产资源开发、利用与保护的监督管理；组织指导负责矿产资源调查评价；负责勘查、采矿权、探矿权的出让、转让等管理工作；调处采矿中发生的争议和纠纷；组织协调地质灾害防治及局下达的其他工作任务。