一、办公室
办公室（环境保护宣传教育处）负责局机关政务综合协调和监督检查，协助局领导组织协调局机关日常工作，协调局领导和总工程师公务活动；拟定机关工作制度并监督执行；负责文秘、督办、档案、政务信息、政府网站编辑、信息化管理、信息公开和政务公开等工作；负责信访工作和人大意见、议案和政协提案办理工作；负责财务管理工作；负责局系统国有资产管理；负责会议会务以及组织接待工作；协助局领导处理行政事务、安全、保卫等工作。
负责组织、指导和协调环境保护的宣传教育工作；负责组织环境保护新闻发布、采访报道和新闻稿件审核；负责推动社会公众和社会组织参与环境保护；负责协调公众教育和舆论监督活动；组织环境保护社会表彰工作。
负责局机关对外窗口的服务和管理工作。
完成局领导交办的工作。
二、组织人事处
负责局系统机构编制、行政体制改革工作；负责局系统人事制度改革、目标管理考核、职务晋升、奖惩、专业技术职称评审、人事调配工作；负责局机关公务员管理工作；负责职工工资、福利、社会保障和教育培训工作；协助局党委做好干部的教育、培养、选拔、任免、监督、区县环保局领导干部双重管理和离休干部工作；负责组织协调参与区县政府环保绩效考核工作。
协助局党委做好局系统党的组织、宣传和思想政治工作、精神文明建设、统战和知识分子工作；协助局党委做好民主生活会和中心组学习服务工作；协助局党委做好对共青团工作的指导；协助局党委做好出国人员的政审工作；负责局党委文书处理、信息、督办、会议和党委网站等工作；负责局系统国家安全、保密管理工作。
完成局领导交办的工作。
三、政策法规处
负责组织拟定本市有关环境保护法规、规章草案及相关实施细则；负责局规范性文件的合法性审查工作；负责环保行政审批制度改革工作；组织环境保护行政处罚案件的审核、听证；组织行政复议、强制执行申请、行政应诉工作；负责地方立法和法律制度实施后评估职责；负责环境保护执法检查的组织工作；负责环保专项执法行动和执法后督查的组织工作；负责环境保护法规的培训和宣传教育工作；负责本市环境保护普法工作；协调与其他部门之间涉及环境保护法律、法规的工作，负责有关规范性文件会签工作；负责企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作和征信系统管理工作。
完成局领导交办的工作。
四、综合规划处
负责组织编制本市环境保护规划和计划以及实施情况的评估，参与国民经济和社会发展计划和有关专项规划环保内容的制定，审核本市城市总体规划、国土规划、区（县）域规划、能源发展规划中的环境保护内容以及本市重大环境保护项目计划；组织编制综合性环境功能区划；负责组织编制局系统年度工作计划；负责编制部门预算、决算和基本建设项目管理；负责提出本市环境保护领域固定资产投资规模和方向、环保项目财政性资金安排的建议，配合有关部门做好组织实施；负责各项经费使用的监督管理和绩效考核工作；负责组织拟定本市环境保护综合性方针、政策；负责组织重大环境保护措施、对策和政策调研；参与制定环境经济政策和本市重大经济和技术政策研究；负责国内外环境保护政策、动态分析；负责环境经济政策的后评估工作；负责组织实施环保基础能力建设；负责组织国内环保对口合作交流及长三角区域环境合作；负责环境统计中的环保投入统计；组织环境年鉴编制工作。
负责市环境保护和建设协调推进委员会办公室日常工作；负责环保三年行动计划的编制、推进及实施情况的跟踪评估；负责编报环境保护和建设工作简报、情况专报；负责起草环境保护综合性会议文件和其他重要文件、报告、领导讲话文稿。
完成局领导交办的工作。
五、科技标准处
负责本市环境保护科学技术发展、技术进步，组织和协调环境保护科学研究，推进环境保护重大科技攻关，以及环境科技成果的管理工作；指导直属单位的科技工作；负责组织拟定本市环境质量标准、污染物排放标准、相关技术标准和技术规范，会同有关部门联合发布；负责标准的宣贯工作；组织开展环保科普工作；参与指导和推动循环经济、清洁生产与环保产业发展；配合环保部开展环境保护设施运营单位资质认可，并组织日常监督管理工作。
完成局领导交办的工作。
六、环境影响评价处
负责从源头上预防、控制环境污染和生态破坏；负责对本市重大发展规划以及重大经济开发计划和重要产业、重点区域环境影响分析及其环保控制政策、对策的研究；负责组织规划环评审查，负责建设项目的环境影响评价文件、试生产（试运行）和竣工验收的审批；负责本市环境影响评价机构的日常监管；承担国家环保部委托的建设项目环境影响评价审批、监管工作。完成局领导交办的工作。
七、污染防治处
负责编制大气环境保护规划、固体废物污染防治规划、环境噪声控制规划；负责组织编制大气环境专项功能区划、环境噪声振动功能区划，并组织开展大气环境功能区、环境噪声功能区达标工作；负责拟定大气、固体废物、环境噪声、化学品、机动车尾气污染防治政策、技术规范、标准和相关立法草案；组织开展大气、固体废物、环境噪声、化学品、机动车尾气等污染源管理、限期治理、达标排放等工作；承担区域环境综合整治和产业结构调整的污染防治工作；承担环境保护国际条约履约有关的具体工作；负责实施危险废物经营许可证、固体废物跨省市转移等审批和电子废物处置监管工作、协助环境部开展可用作原料的固体废物进口许可、危险废物出口、有毒化学品进出口、新化学物质转移登记等监管工作。负责大气、固体废物、化学品、环境噪声等重大污染事故及跨区域污染纠纷的调查和处理工作，完成局领导交办的工作。
八、水环境和自然生态保护处
负责编制水环境保护、农村环境保护、生态保护规划；负责拟定水环境、生态保护、农村环境保护和土壤污染防治政策、技术规范和标准、有关立法草案；负责水环境功能区划分及指导水环境功能区达标工作；负责本市饮用水源保护工作；负责开展水污染源管理、限期治理、达标排放等工作；负责协调跨区域水环境保护工作；负责水环境重大污染事故调查和处理工作；负责农村生态环境保护、禽畜养殖业污染监督管理；监督管理海岸工程、陆源污染等环境污染防治工作；指导、协调和监督海洋环境保护工作。 监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动；牵头负责生物多样性保护和生物安全管理工作；指导、协调和监督自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作；指导和监督生态破坏恢复整治、湿地环境保护、野生动植物保护工作；指导全市生态示范创建和生态农业建设。完成局领导交办的工作。
九、总量控制处(环境监测处)
负责拟订主要污染物排放总量控制计划、政策、考核办法，并组织实施；负责总量减排的日常管理，制定总量减排考核制度；负责排污申报、排污许可证、排污交易的制度设计和监督管理工作；负责城市环境保护综合整治定量考核，环境保护模范城市（区）创建工作；负责环境统计，组织编制并发布环境统计年报和统计报告；负责污染源普查工作。
负责环境监测管理，组织开展环境监测；负责拟定环境监测发展规划和年度计划；负责环境质量信息的统一发布，编制环境质量报告、环境状况公报。
完成局领导交办的工作。
十、辐射安全管理处
负责编制辐射（核）安全、电磁辐射环境保护规划；负责放射性废物的管理；组织开展辐射（核）污染防治的政策、技术规范、标准和相关立法草案；负责辐射（核）、输变电设施和线路等辐射（核）为主要影响项目的环境影响评价文件、试生产（试运行）、竣工验收审批工作；负责核技术利用、伴生放射性矿产资源开发利用中的污染防治的监督管理；负责输变电设施及线路、信号台站等电磁辐射装置和电磁辐射环境的监督管理；负责辐射安全许可证、放射性同位素转让、转移、野外示踪试验、豁免的审批或备案；负责辐射从业人员的资质管理；参与核与辐射恐怖事件的防范与处置工作；组织开展辐射环境监测和重点辐射源的监督性监测；负责核与辐射污染事故的应急处置和调查工作。
负责编制环境应急管理建设规划和年度工作计划；组织本市环境应急预案体系制定和监督实施；负责环保系统应急、反恐工作协调和指导，重点环境风险源日常监管；建立和完善本市环境污染事故应急处置指挥决策体系；牵头协调环境污染事故和跨区域污染纠纷的应急处置；负责环境应急、反恐工作协调和日常管理工作。
完成局领导交办的工作。
十一、国际合作处
负责编制国际合作交流计划，并组织实施；负责协调涉外的环境保护合作项目；负责协调环境保护国际条约在本市履约工作；负责外事交流和接待工作；负责本市友好城市环境保护合作交流；配合有关部门开展外宣工作，负责英文网站建设和维护。
完成局领导交办的工作。
十二、纪检监察室
负责进行党风廉政教育，抓好廉洁自律各项规定的落实，规范领导干部从政行为；负责受理局系统内干部职工的控告、申述，按规定做好信访案件的查处工作；负责环保系统政风行风建设的检查、督促和推进；负责财务审计工作；围绕环境保护工作，组织开展行政监察工作；负责局系统社会治安综合治理工作，确保内部稳定。
完成局领导交办的工作。
十三、机关党委
宣传和执行党的路线、方针、政策，宣传和执行中央和上级党组织、本组织的决议。组织党员认真学习党的基本知识，学习科学、文化和业务知识。对党员进行管理，受理党员的控告和申诉。对党员进行监督，检查、处理违反党的章程和其他党内法规的案件。对入党积极分子进行教育、培养和考察，做好发展党员工作。配合组织人事部门对机关领导干部进行考核和民主评议；对机关行政干部的任免、调动和奖惩提出意见和建议。
完成局领导交办的工作。
