(一)办公室。负责机关日常运转工作,承担外事、交流合作、资产管理、安全、机要、保密等工作。
(二)政策研究与科技发展处。负责统筹协调和指导推进规划和自然资源相关政策研究及科技管理工作,承担重要报告和文稿的起草工作。
(三)组织人事处。负责机关和所属单位的干部人事、机构编制、工资福利、教育培训等工作,指导规划和自然资源人才队伍建设等工作。
(四)财务与资金管理处。承担有关自然资源专项收入征管和专项资金、基金的管理工作,负责机关和所属单位财务及国有资产监管工作。
(五)法规处。承担有关地方性法规、规章草案的起草工作,承担技术标准和规范管理工作。
(六)总体规划管理处。拟订国土空间规划相关政策,组织编制国土空间规划和相关专项规划并监督实施。依法审核各类总体规划。拟订国土空间用途管制制度规范和技术标准。
(七)详细规划管理处(城市更新处)。承担控制性详细规划管理工作,负责城市更新相关政策的研究、实施和指导工作。
(八)乡村规划处。承担村庄规划以及集体建设用地管理等的政策研究、标准拟定和规范化管理工作。承担乡村建设工程规划和土地管理工作。
(九)市政工程管理处。承担市管市政工程项目的规划土地管理工作。
(十)建筑工程管理处。承担市管建设工程项目的规划土地管理工作。
(十一)风貌管理处(地名管理处)。承担历史文化风貌区范围和保护建筑建控范围内建设工程项目的规划土地管理工作。承担地名管理工作。
(十二)自然资源利用处。拟订有关自然资源资产有偿使用制度并监督实施。承担有关自然资源市场监督管理和动态监测工作。组织拟订有关全民所有自然资源资产管理政策。
(十三)国土用途实施处。研究提出土地年度利用计划并组织实施。承担国土空间生态修复政策研究工作,组织编制国土空间生态修复和土地整理规划。拟订并实施耕地保护政策。
(十四)地质资源管理处。负责地质勘查行业和地质、矿产资源管理工作。承担地质灾害预防和治理工作,监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题。
(十五)测绘与自然资源调查处。承担测绘地理信息管理工作。依据国家自然资源调查监测评价指标体系和统计标准,建立自然资源定期调查监测评价制度,开展有关自然资源调查监测评价工作。
(十六)信访办公室(公众参与处)。承担信访、政务公开、对外宣传、新闻发布、公众参与、意见提案办理等工作。
(十七)行政服务处(城建档案管理处)。承担行政审批事项的接待受理、转办、发证工作。承担行政审批当场办理事项的管理工作。承担城建档案管理工作。
(十八)信息化建设处。承担规划和自然资源领域有关信息化工作,拟订相关信息化建设发展规划并组织实施。负责“多规合一”信息平台规划、建设、管理。负责规划和自然资源相关业务统计管理工作。
(十九)业务监督处。承办对机关及各区规划和自然资源部门的行政审批、行政执法等业务进行综合监管和专项检查工作。承担联系国家自然资源督察上海局的工作,牵头承担督察反馈问题的调查、处理以及督办落实。
按照有关规定设置直属机关党委。