东北农业大学水利与土木工程学院源于1958年创办的东北农学院农田水利工程专业，后发展成为东北农业大学工程学院水利系。
1988年，水利与建筑学院的农业水土工程学科被国家教委批准为硕士点。
1998年，国家调整专业目录，将农田水利工程专业改为农业水利工程专业。
1999年，经国务院学位委员会审查批准开始招收工程硕士研究生。
2000年11月，正式组建水利与建筑学院。
2001年，学院开始招收博士研究生和农业生物环境与能源工程硕士研究生。同年，农业水土工程专业硕士班开始招生，依托农业水利工程专业成立水利水电工程专业、工程管理专业、水文与水资源工程专业。
2006年，学院农业水利工程批准为省级重点专业。
2007年，学院农业水利工程批准为国家特色专业 。
2014年，学院农业水利工程成为国家首批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目入选专业”。
2016年9月，更名为水利与土木工程学院。
