1998年3月10日，九届人大一次会议第三次全体会议表决通过关于国务院机构改革方案的决定。 根据这个决定，由地质矿产部、国家土地管理局、国家海洋局和国家测绘局共同组建国土资源部。 保留国家海洋局和国家测绘局作为国土资源部的部管国家局。
2018年3月，根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的《国务院机构改革方案》，组建自然资源部；将国土资源部的职责，国家发展和改革委员会的组织编制主体功能区规划职责，住房和城乡建设部的城乡规划管理职责，水利部的水资源调查和确权登记管理职责，农业部的草原资源调查和确权登记管理职责，国家林业局的森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责，国家海洋局的职责，国家测绘地理信息局的职责整合，组建中华人民共和国自然资源部，作为国务院组成部门；不再保留国土资源部。
