截至2016年9月，研究院开设4个博士后科研流动站、5个一级学科博士点、17个二级学科博士点、25个二级学科硕士点。
博士后科研流动站：数学、物理学、力学、核科学与技术
一级学科博士点：数学、物理学、力学、光学工程、核科学与技术
二级学科博士点：基础数学、计算数学、应用数学、理论物理、粒子物理与原子核物理、等离子体物理、凝聚态物理、光学、无线电物理、流体力学、工程力学、光学工程、核能科学与工程、核燃料循环与材料、核技术及应用、辐射防护与环境保护、脉冲功率技术及其应用
二级学科硕士点：基础数学、计算数学、应用数学、理论物理、粒子物理与原子核物理、等离子体物理、凝聚态物理、光学、无线电物理、流体力学、计算机软件与理论、固体力学、工程力学、机械制造及其自动化、光学工程、物理电子学、通信与信息系统、计算机应用技术、应用化学、武器系统与运用工程、核能科学与工程、核燃料循环与材料、核技术及应用、辐射防护与环境保护、脉冲功率技术及其应用
2015年，研究院北京计算科学研究中心获批为国家创新人才培养示范基地。
据中国工程物理研究院2017年博士研究生、硕士研究生招生章程显示，研究院2017年拟招收约111名博士研究生、160名全日制学术型硕士研究生。
奖助学金
硕士研究生学业奖学金：在校生总获奖比例70%，一等奖学金12000元/学年占比14%，二等奖8000元/学年占比21%，三等奖学金4000元/学年占比35%。
直博生按博士身份缴纳学费，入学第一学年享受博士生助学金待遇，免交第一学年学费，根据当年所修课程的层次阶段确定身份参与学业奖学金的评定。
博士研究生学业奖学金：在校生总获奖比例70%，一等奖学金15000元/学年占比14%，二等奖10000元/学年占比21%，三等奖学金5000元/学年占比35%。
学制及年限
博士研究生学制3年，学习年限3-5年。基础课程学习主要在北京进行。
硕士研究生级别学制一般为3年，最长修读年限（含休学）不得超过4年。第一年基础课程学习按专业需求分别在北京、合肥、长沙进行。
