1995年7月，由国家民政部司局级离退休干部刘毅同志牵头，在建设部部长侯捷、民政部副部长阎明复、民委副主任陈虹以及原故宫博物院院长单士元、专家罗哲文、郑孝燮等领导和专家的大力支持下，开始组建中国民族建筑研究会。1995年底经国家建设部和国家民委批准，在民政部登记注册，成立全国性社会团体——中国民族建筑研究会，
1996年3月22日，在建设部部长侯捷、民政部副部长阎明复支持和主持下，在建设部会议室召开了研究会筹备工作人员会议，研究领导班子人选及召开成立大会等具体事宜。
1996年初，中国民族建筑研究会参与组织全国500名民族古建筑专家、学者撰写巨著《中国民族建筑》。这部书是中华民族建筑历史的概括，填补了中华民族建筑史的空白，得到了国家民委和建设部的重视。1999年，该书已出版发行。
1996年6月～12月，中国民族建筑研究会与山东云峰古建筑学校合作建立教育培训基地。在国家教委的支持下，经山东省教委批准，将云峰古建筑学校升级为民族建筑培训学院。扩建了校舍，在96年下半年招收在职技术人员，培训两期古建技术人员。
1996年7月20日，在黑龙江齐齐哈尔市明月岛召开了研究会学术研讨会。会议主题:“在改革大潮中如何保护城市风貌、民族古建筑、古迹及风景园林”。与会代表70人，会议收到论文34篇，并在全国性刊物 《规划师》上分期发表。
1997年 3月25日～29日，中国民族建筑研究会与中国香港地区政府建筑署和香港大学联合召开了"第八届中国民族民居学术会议"。这是中国香港地区有史以来第一次召开全国性会议。我会刘毅秘书长参加了会议。与会代表120多人，印发论文45篇。香港"星岛日报"和"文汇报"均以头版头条报道了这次会议。
1997年10月，中国民族建筑研究会在浙江普陀山召开"历史文化名城民族古建筑及古迹保护、管理、应用学术研讨会"，有近百名专家参会。
1997年，参加国务院开展的社团清理整顿工作，完成与社团自检和有关资料申报工作。
1998年～2000年期间，由于社团整顿等原因，本会的主要工作均处于基本停顿状态。1998年本会会长临时更换为倪吉昌同志。
2000年底，研究会创始人之一刘毅秘书长因病逝世。
2000年10月～12月,肖厚忠同志开始具体承接秘书长工作，期间完成了中国民族建筑研究会的社团清理整顿工作和新一届领导班子人选的准备工作，建立了研究会内设机构等，基本理顺了研究会的隶属关系，为下一步研究会工作的开展与运作打下了良好的基础。
2001年3月，经国家民政部社团清理整顿工作后，中国民族建筑研究会经国家民委批准保留，民政部同意重新登记换证，完成了清理整顿工作，并于2001年7月4日由民政部正式颁发了社会团体法人登记证书。
2001年3月，中国民族建筑研究会依照研究会章程和国家民委2001年1月16日下发的《国家民委社会团体管理暂行办法》的有关规定，进行了领导班子的调整，形成了新一届研究会的领导班子。经国家民委、民政部审批，新一届领导班子由一位会长、九位副会长组成。
2001年9月3日，中国民族建筑研究会开始编辑出版第1期《民族建筑动态》月刊（内部发行），已编辑出版有45期。《民族建筑动态》主要报道国家最新有关保护民族建筑的政策法规、民族建筑动态、研究会信息，会员之声信息，免费发给每一个会员和国家机关有关领导和机构，它已成为研究会与会员之间信息沟通的纽带和桥梁。
2001年12月，中国民族建筑研究会在北海召开了“会员代表大会暨2001以民族建筑保护发展为主题的学术研讨会”，会议通过了《中国民族建筑研究会专业委员会管理暂行规定》、《关于组建民居建筑专业委员会、古建园林技术专业委员会的决议》、《关于聘请名誉会长的决议》和《关于中国民族建筑研究会常务理事、理事任职资格标准的决议》。会议对2001年工作进行了总结同时对2002年工作的进行了部署。会议通过了2001年—2005年发展规划，明确了研究会的宗旨、任务、指明了研究会的发展方向。
2002年5月18日—24日，受国家民委委托，中国民族建筑研究会与国家民委规划财务司在浙江省嘉兴市中国民族建筑研究会嘉兴培训中心举办了国家民委所属单位基本建设干部培训班。国家民委规划财务司副司长乐长虹同志到会发言祝贺，国家建设部领导和专家在培训班授课
2002年8月5日至13日，经委港澳台办公室批准，由中国民族建筑研究会主办，新疆维吾尔自治区建设厅、民委，新疆城市规划协会协办的“2002年海峡两岸传统民居建筑学术研讨会”在乌鲁木齐市隆重召开。此次会议共有参会代表95人，其中台湾省代表27人、香港特别行政区代表13人。建设部党组成员、中纪委驻部纪检组长姚兵，民政部民间组织服务中心乔申乾主任，国家民委社团办曲扎主任，以及新疆维吾尔自治区建设厅甫拉提副厅长、民委何沙木丁副主任等领导参加这次会议。新疆电视台、新疆日报等新闻媒体报道了这次会议。
2002年10月，经国家民委批准，中国民族建筑研究会会同建设部城乡规划管理中心、中国房地产及住宅研究会、中国勘察设计协会、中国风景园林学会等单位联合举办“全国人居经典建筑规划设计方案竞赛（2002年）”活动，在人民大会堂举行了颁奖仪式，参加竞赛的单位、获奖单位和十多家新闻媒体参加了颁奖大会。此次活动展现了现代建筑设计及建筑成果，弘扬中华民族传统建筑文化，促进我国人居环境和住宅小区规划建设的发展。
2002年12月20日，中国民族建筑研究会网站正式开通，中国民族建筑研究会网站为广大会员服务，及时提供国家有关法律法规，提供传递研究会信息和活动，介绍民族建筑研究成果和各民族建筑艺术风采。
2002年12月21日，中国民族建筑研究会常务理事会会议在北京国谊宾馆召开，会议分别由王景慧、陈震东、王静霞和李先逵等几位会长分别主持，会议内容主要针对研究会2002年工作进行总结，对2003年工作开展部署，在讨论研究会发展方向上，提出的总体工作方针是：“巩固成绩，发展组织，扩大影响，全面推进”。
2002年12月28日，中国民族建筑研究会会长王景慧、秘书长肖厚忠及法国法中协会首席代表杨世清等同志，与法国HERITAGE VISION Company 公司总裁夏贝尔先生及其夫人进行了会面。双方在城市规划、世界遗产保护等方面交换了意见，并对法国里昂和中国北京的城市规划等话题进行讨论，并探讨了进一步合作的可能性。
2003年3月17日，国家民政部民社登字第89号正式批准中国民族建筑研究会设立《民居建筑专业委员会》和《遗产研究保护专业委员会》。
2003年4月17日～4月30日，由中国民族建筑研究会会员组成的城市规划与历史文化遗产保护考察团对希腊、埃及、土耳其三国进行了为期14天的考察访问。在考察过程中，考察成员紧紧围绕“城市规划与历史文化遗产保护”这一主题，针对国内城市建设中存在的诸多问题，对新时期我国城市规划与城市建设进行深入探讨。
2003年10月25日～10月27日，由研究会主办的“中国古建园林发展研讨会”在江西庐山召开，参会代表、各会员单位的代表及个人会员的代表和部分特邀专家近70人参加了会议。大会代表一致通过关于建立“优秀民族建筑奖”的倡议书，以继承和弘扬中国民族建筑文化，推动中国民族建筑事业的发展。
2003年11月5日，《中国建设报》以“建筑快餐”扼杀古建筑灵魂为题目，报道了与会专家就如何继承、保护和发展中国古建园林等问题做的精辟论述。
2003年12月，在国家民委的指导下，中国民族建筑研究会受江西省贵溪市樟坪畲族乡政府委托，组织研究会有关专家、学者，对樟坪畲族乡政府所在地的170亩地进行总体规划，对乡民族博物馆、乡办公楼、散居了40多户的畲族居民和民俗风情旅游景点等进行设计。规划此民俗文化村的意义在于一旦建成，将大大提高畲族的民族凝聚力，发扬畲族的民俗文化，扩大畲族这一古老民族文化在世界的影响。
2003年9月21日，由中国民族建筑研究会组织的赴台湾“民族建筑及城市建设考察团”顺利成行，并完成考察任务。考察团考察了曼谷、台湾花莲、台东、高雄、阿里山、日月潭、台北和台中等地。代表团实地参观考察了保护较好的传统建筑，研究和学习了曼谷和台湾地区一些保护传统建筑的经验。
