中国水利工程协会理事会常设办事机构为秘书处，负责处理协会日常工作，实行理事会领导下的秘书长负责制。秘书处内部机构有综合与会员管理部、资格资质管理部、自律监管部、信用管理部、考核评价部。凡拥护本会章程，自愿加入并积极支持和参与协会活动的中国境内的水利工程建设管理、施工、监理、运行管理、维修养护的企事业单位及其他相关组织和个人，均可自愿申请成为单位会员和个人会员。
综合与会员管理部
1．负责组织协会内部规章制度建设，协助协会领导协调日常工作，负责重要事项的催办；
2．负责协会工作会议管理，负责组织会员大会、常务理事会和理事会等会务工作，组织内部办公会议；
3．负责协会文秘、档案、文件和邮件管理工作；
4．负责协会行政信息、对外宣传、联络、接待等工作；负责协会信息数字化建设、管理工作，负责协会网站管理和会刊印制发行工作；
5．负责协会会员管理与服务工作；协调各部门制定行规行约，建立行业自律机制，维护会员的合法权益，协调会员关系；
6．协助协会领导对协会组织机构的职责调整、机构设置、人员编制的管理工作；负责协会职工人事、劳资管理、社会保险等工作；
7．负责财务、会计核算、财务审计和合同管理工作，负责编制年度预决算报告；
8．负责协会固定资产管理工作，负责资产运营及收益管理工作；
9．负责后勤、交通、物业管理和安全保卫、保密、信访工作；
10．负责党建和党员管理、思想政治和精神文明建设等工作，负责工会、共青团、妇女、计划生育等工作；
11.承办协会领导交办的其他工作。
资格资质管理部
1．开展有关政策调研工作，负责制定水利工程行业有关单位资质及从业（执业、职业）人员资格管理、教育培训规章制度，承担有关技术标准组织编写工作；
2．负责或受委托承担水利工程行业有关单位资质管理工作；
3．负责水利工程行业有关从业人员（执业、职业）资格管理工作；
4．开展行业专业技术人员培训，负责执业（职业）资格培训工作；
5．负责水利水电工程建设工法评审管理等工作，对口有关机构开展工法管理工作；
6．承办协会领导交办的其他工作。
自律监管部
1．开展有关政策调研工作，负责制定水利建设市场主体及从业人员自律管理规章制度，承担有关技术标准组织编写工作；
2．负责从业（执业、职业）资格人员注册登记备案管理工作；
3．组织开展从业（执业、职业）人员继续教育培训工作；
4．负责组织开展行业检查，查处违反行规行约行为，配合主管部门开展行业的工程质量与安全管理工作。
5．负责水利建设市场主体及其相关执（从）业人员信用信息的采集、发布、维护更新等日常管理工作；
6．承办协会领导交办的其他工作。
信用管理部
1．负责组织行业管理研究工作，组织制定有关规章制度和标准；
2．负责开展水利建设市场主体的信用等级评价工作；
3．负责组织行业统计、行业调查和发布行业信息工作；
4．负责与有关政府部门、协会组织、国际组织进行对口交流、合作、谈判、争端处理工作；
5．承办领导交办的其他工作。
考核评价部
1．开展有关政策调研工作，负责制定有关考核、评价等方面的规章制度、标准；承担有关技术标准组织编写工作；
2．负责组织行业评比工作，承担优质工程评审工作；
3．承担水利工程管理单位考核相关工作；
4．根据行业发展需要或会员的要求，组织相关课题研究、技术攻关、项目咨询、评估、成果推广、信息交流与合作、会展招商及有关产品或服务的推介等活动；
5．开展建设项目的建设管理、咨询、监理、施工、招投标代理和合同争议调解等服务工作；
6．承办协会领导交办的其他工作。
名誉会长
矫勇
会 长
周保志
副会长
孙继昌、张严明、李兰奇、韦志立、安中仁、陈光临、石小强、孙洪水、张宗言、宋光明
秘书长
安中仁（兼）
常务理事
（按姓氏笔画排序）
丁 凯 万 隆 于本洋 马承新 马涪良 王 禹王文科王立权王爱国王联芳王震宇卢永友
田玉波 乔世珊 任 福 刘志威孙玉民孙献忠 安 兴 汤立飞 祁志峰 何发良 吴剑明 张富能
李 松李文义李向东汪安南 陈 进 周光奉武国堂郑卫东侯京民柳胜东 徐业平秦向阳
袁宏全 郭索彦 崔献峰 曹 军曹为民梁向峰符忠轩 黄 琼 彭惠乃 曾凡师 谢 放 翟渊军
蔡跃波 魏永庆
