根据中国水利水电科学研究院2020年研究生招生专业目录显示，研究院设置2个一级学科博士后流动站，以及8个学术学位二级学科硕士点和8个学术学位二级学科硕士点。
学术学位二级学科硕士点：岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水环境学、水信息学、水灾害与水安全
学术学位二级学科博士点：岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水环境学、水信息学、水灾害与水安全
博士后科研流动站：土木工程、水利工程
根据2020年4月研究所官网显示，中国水利水电科学研究院水利研究所有博士生导师9名、硕士生导师16名。
