据有关资料显示，该所设有科技岗位43个，其中固定岗34个，流动岗位9个。聘用固定岗位34个，其中教授级高工8人，高级工程师14人，具有博士学位的14人，其中有博士后研究经历的4人，硕士学位的16人。
水环境研究所持有国家环保总局颁发的环境影响评价证书和水利部颁发的编制开发建设项目水土保持方案资格证书，证书编号分别为《国环评证甲字1024号》和《水保资证甲字第70号》。该所于1994年通过了国家级计量认证，并于1999年和2005年通过了国家级计量认证复查换证，并向社会提供48种国家二级水环境标准参考样品。该所现有色谱-质谱联用仪、气相色谱仪、液相色谱仪、等离子发射光谱仪、原子吸收仪、离子色谱仪、原子荧光仪和紫外分光光度仪等分析仪器20多台。
1999年以来，该所已完成100多项科研成果，获省（部）级和院奖近30项，撰写专著27部，发表论文220多篇，获发明专利1项。
