截至2015年底，全院在职职工1438人，拥有中国科学院院士1人、中国工程院院士5人，具有正高级专业技术职务256人、副高级专业技术职务445人。
中国科学院院士（专职）：陈祖煜
中国工程院院士（专职）：陈厚群、陈志恺、韩其为、王浩、朱伯芳
据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院设有5个院属企业、41个挂靠单位（其中国内专业委员会24个、期刊杂志编辑部11个）、13个非营利科研机构、1个国家重点实验室、2个水利部重点实验室、4个国家级研究中心、7个水利部研究中心/应用中心/收藏馆。
院属企业：北京中水科工程总公司、北京爱德服务总公司、北京中水科水电科技开发有限公司、北京中水科海利工程技术有限公司、天津水利电力机电研究所、北京中水润科认证有限责任公司
挂靠单位：国际泥沙研究培训中心、中国大坝工程学会秘书处、中国灌溉排水国家委员会秘书处、世界泥沙研究学会秘书处、中国水利工程研究协会秘书处、全球水伙伴中国委员会秘书处
非营利科研机构：水资源研究所、防洪抗旱减灾研究所、水环境研究所、水利研究所、工程抗震研究中心、岩土工程研究所、结构材料研究所、泥沙研究所、水力学研究所、遥感技术应用开发中心、牧区水利科学研究所（京外）、水利史研究所、水电可持续发展研究中心
国家重点实验室：流域水循环模拟与调控国家重点实验室
水利部重点实验室：水利部水沙科学与江河治理重点实验室、水利部水工程建设与安全重点实验室
国家级研究中心：国家能源水能高效利用与大坝安全技术研发中心、国家节水灌溉北京工程技术研究中心、国家农业灌排设备质量监督检验中心、国家水电可持续发展研究中心
水利部研究中心/应用中心/收藏馆：水利部防洪抗旱减灾工程技术中心、水利部水资源与水生态工程技术研究中心、水利部水土保持生态工程技术研究中心、水利部草地水土保持生态研究中心、水利部水环境监测评价研究中心、水利部遥感技术应用中心、水利部江河水利志收藏馆
设备仪器
据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院大型高速水流减压箱、大型三向六自由度模拟地震振动台、离心模拟试验机、水力机械模型通用试验台、水质色谱-质谱联机仪等仪器设备，以及一大批自主开发的水利水电计算机软件和大型高性能的并行计算平台。
馆藏资源
截至2009年12月，图书馆收集图书期刊15万余册，其中外文期刊占50%，缩微和视听资料7万余种，与中国以外约100个单位建立了图书期刊交流关系，技术资料室收集科技资料7万余种，与中国内地300多个单位建立了交换关系；收集技术档案3000余项，共6000余件。
截至2011年，中国水利水电科学研究院数字图书馆可提供千余册电子图书，包括《人民日报》在内的10种电子报纸的在线阅读，可提供150多种优秀科普期刊的在线阅读，可提供总计831种优秀文学期刊的在线阅读，可提供10349部国内外精品视频的在线播放和下载等多项功能。
