中国水土保持学会于1985年3月由国家体改委和中国科学技术协会批准成立。

1986年5月在北京召开第一次全国会员代表大会，水利部原部长杨振怀任第一届理事会理事长。

1992年5月在北京召开第二次全国会员代表大会，杨振怀连任第二届理事会理事长。

2006年1月14日－15日在北京召开第三次全国会员代表大会，水利部副部长鄂竟平任第三届理事会理事长。

第三届理事会由140名理事（其中包括台湾省一名）组成，常务理事19名，理事长1名，副理事长5名，秘书长1名，副秘书长6名。

2008年11月21日召开了中国水土保持学会三届二次理事会，增、更选了理事和常务理事。增、更选后，中国水土保持学会三届理事为164名，常务理事31名。

2010年12月14日在北京召开了第四次全国会员代表大会，水利部副部长刘宁任第四届理事会理事长 。

第四届理事会由168名 理事组成，常务理事35名，理事长1名，副理事长5名，秘书长1名，常务副秘书长1名，副秘书长5名。