• 办事处

合肥铁路办事处、南京铁路办事处、杭州铁路办事处

• 运输站段

车务段：徐州车务段、淮北车务段、合肥车务段、新长车务段、芜湖车务段、嘉兴车务段、金华车务段、宁波车务段

直属站：徐州站、徐州北站、蚌埠站、合肥站、淮南西站、阜阳北站、南京站、南京东站、芜湖东站、镇江站、常州站、上海站、无锡站、苏州站、南翔站、杭州站、乔司站

货运中心：徐州货运中心、合肥货运中心、蚌埠货运中心、南京货运中心、上海货运中心、杭州货运中心、金华货运中心

机务段：徐州机务段、合肥机务段、南京东机辆段、上海机辆段、上海机车检修段、杭州机辆段

供电段：徐州供电段、合肥供电段、南京供电段、杭州供电段

车辆段：合肥车辆段、南京动车段、南京东车辆段、上海动车段、杭州北车辆段

客运段：合肥客运段、南京客运段、上海客运段、杭州客运段

工务段：徐州工务段、蚌埠工务段、合肥工务段、阜阳工务段、新长工务段、芜湖工务段、南京桥工段、上海工务段、上海大修段、杭州工务段、宁波工务段

电务段：徐州电务段、合肥电务段、南京电务段、上海电务段、杭州电务段

通信段：上海通信段

维修检修段：上海大机运用检修段、上海高铁维修段

• 运输辅助单位

建筑段：徐州房建段、合肥房建段、南京房建段、上海房建段、杭州房建段

• 职培基地

徐州职培基地、蚌埠职培基地、南京职培基地、上海职培基地、杭州职培基地

• 卫生监督所/疾控所

上铁卫生监督所、南京疾控所、上海疾控所

• 工程指挥部

徐州枢纽指挥部、合肥枢纽指挥部、南京枢纽指挥部、上海枢纽指挥部、杭州枢纽指挥部