根据上述职责水务局设十一个内设机构：

（一）办公室

协助局领导处理机关日常工作，协助局机关政务党务事务管理，负责会议的组织，综合材料的起草和机关文秘、档案、保密、宣传、调研、信息、信访、综合治理、安全保卫、工作督察、规章制度建设、人事劳动工资、机构编制、干部管理考核使用、专业技术评聘、老干部管理、青年妇女计划生育及职工队伍建设、纪检、监察、工会和机关后勤事务管理等工作。

（二）计划财务股

负责全区水利资金的计划、管理、使用，编制水利年度财务计划；负责指导全区水利行业产业发展、多种经营和财务统计工作；负责管理各类资金的计划、分配与监督检查；负责固定资产的管理。负责水利系统重点建设项目的规划、论证、筛选、立项、实施和监督工作。

（三）审计股

贯彻执行国家有关审计法规和政策，加强财务审计监督，负责局直各单位和乡镇水管站的水利专项资金的审计监督任务，查处财务违纪案件，配合计划财务股搞好财会人员的业务培训工作，完成审计部门委托的审计项目和局领导临时交办的审计任务，并提交审计报告。

（四）工程建设管理股

负责编制全区水利中长期发展规划和年度计划；负责全区水利工程和水利基建项目的立项审核和报批工作；负责水利工程建设、新技术推广、质量管理和验收工作；负责全区农田水利工程的规划、设计和管理工作；组织指导全区农田水利基础建设，指导乡镇水管站工作。

（五）灌溉管理股

负责协调全区灌溉用水的管理工作。按照国家节约用水的政策和标准，拟定节约用水计划，制定年度用水计划和时段用水计划；拟定灌溉用水管理办法，协调用水部门间的水量分配，监督指导以用水户参与管理为主要内容的新的管水组织的规范运行工作，促进节约用水，科学用水；

（六）水土保持站

宣传贯彻《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》等有关法律法规，并监督检查，指导企业制定和落实水保治理方案，加强水土防治工作，保护生态环境。

（七）科技教育股

负责编制水利科技教育发展规划并组织实施，组织协调和水利科技项目攻关和新技术推广工作；指导水行业的在职职工培训，成人教育和职业技术教育，并负责农村水利科技培训。协同有关部门管理水利行业技术标准、规程、规范及其监督实施等工作。

（八）防汛、抗旱指挥部办公室

承担临河区防汛、抗旱指挥部的日常事务工作，制定全区防洪、抗洪抢险、抗旱方案；组织、协调、监督、指导全区防洪、排涝、抗旱工作；负责全区防洪排涝工程的建设与管理及抗旱工作，负责全区河道堤防的整治和管理保护工作。

（九）规划设计室

负责全区农田水利工程的规划和设计工作。认真做好各项水利工程建设项目的外出勘测、项目建议书、可行性研究报告、初步设计和概预算编制，负责水利工程新技术、新材料、新工艺的发展应用。协助处理好水利项目在施工中的变更工作。

（十）农村饮水安全工程管理总站

负责区内7镇农村饮水安全工程项目的编报、立项、可研、设计和项目落实、报批工作；负责基层站的管理、水质监察、水源地保护；负责全区饮水安全工程折旧费及大修基金提取、使用的审批。逐步建立适应市场经济要求、符合农村供水工程特点的管理体制和运行机制，确保饮用水安全和社会公共安全。

（十一）排水管理中心

负责全区渠道排水和支以下排水沟道工程建设管理和维修的指导检查工作；负责全区排水分干沟工程建设管理和排水效益的监测分析工作。对临河区境内排入排水工程农田排水、城镇污水、工业废水依据法律、法规、规章进行规范化管理等工作。