1957年11月，红河州水利工作队成立，隶属红河州农水科。
1979年9月，红河州水利工作队改为红河州水利电力勘测设计队。
1988年3月，红河州水利电力勘测设计队改为红河州水利电力勘察设计院。
1996年6月，红河州水利电力勘察设计院改为红河州水利水电勘察设计研究院，为科研事业单位，原人员编制、管理体制不变。
2009年7月，州编委批复红河州水利水电勘察设计研究院为副处级的事业单位。
2011年12月7日，经州机构编制委员会研究决定，州水利水电勘察设计研究院为副处级，以专业技术岗位为主，内设机构相当于正科级。
