由于各企业的经营规模、组织结构、行业特点、内外环境等因素各不相同，在全面预算管理组织体系的具体设置上可采取不同方式，并遵循如下基本原则：

1、科学、规范原则

科学、规范是指设置的全面预算管理组织体系既要符合全面预算管理的内在规律，又要符合《中华人民共和国公司法》、本企业的《公司章程》中有关公司法人治理结构的有关规定。例如，公司法明确规定：预算的制订责任由公司董事会承担，预算的审定权力由公司股东会享有，这些条款都是各企业在设置全面预算管理组织体系、划分有关机构责任与权利时不能与法律、法规相抵触的。

2、高效、有力原则

高效、有力是指全面预算管理机制的运行要反应敏捷、作用有力、执行坚决、反馈及时，这是现代经济社会对组织管理的基本要求。设置预算管理组织体系的目的在于充分、有效地实施预算管理职能，确保全面预算管理活动的顺利运行。显然，只有高效、有力的组织机构才能保证此目的的实现。

3、繁简适度、经济适用原则

全面预算管理组织体系的建立一定要结合本企业的实际，既不能搞烦琐哲学、摆花架子，又不能过于简单。因为，繁简适度的组织体系是全面预算管理机制高效运行的基础。庞大、臃肿的预算管理机构，不仅会增加预算管理的成本，而且会降低管理效率、造成管理混乱，甚至危及全面预算管理的运行。提高经济效益是全面预算管理的根本目的，如果因为开展全面预算管理导致费用上升、效益下滑，那将得不偿失。相反，过于简单的组织机构，又难以担当全面预算管理的重任，造成顾此失彼、疲于应付，最终导致全面预算管理的失败。因此，繁简适度、因企制宜的设置全面预算管理的组织体系，并配备数量适中的工作人员，对于每一个实施全面预算管理的企业而言，都是非常重要的。

4、全面、系统原则

全面预算管理是以预算为标准，对企业经营活动、投资活动、筹资活动进行控制、调整和考评的一系列管理活动。它既涉及企业人财物各个方面，又涉及企业供产销各个环节，是一个全员参与、全过程控制的系统工程。因此，企业应本着全面、系统的原则，从以下两个方面建立健全全面预算管理组织体系：

一是明确企业全面预算管理决策机构、工作机构和执行机构的设置及组成人员，落实各机构在预算管理中的责任和权利。

二是全面预算管理组织体系的建设要与企业组织机构相适应，在由多级法人组成的集团公司、母子公司，应相应建立多级预算管理决策机构、工作机构和执行机构，避免出现全面预算管理活动相互脱节，甚至出现管理空白的现象。

5、权责明确、权责相当原则

全面预算管理是以人为本的管理活动，全面预算管理的各个组织机构必须要有明确、清晰的管理权限和责任。只有做到权责明确、权责相当，才能在实施全面预算管理中减少或杜绝“扯皮”现象。

权责明确是指应根据全面预算管理组织机构所从事的具体活动，明确规定其应承担的经济责任，同时赋予其履行职责所必须的权利。

权责相当是指有多大权利，就应该承担多大的责任；反之，承担多大的责任，就应该拥有多大的权利。有责无权、责大权小，责任无法落实；有权无责、权大责小，就会造成权利滥用。只有权责匹配、将责权利有机结合起来，才能使全面预算管理活动充满生机和活力。