水利与土木建筑工程学院始建于1958年。原内蒙古畜牧兽医学院的农水系1958年转入内蒙古水利水电学院，由武汉水利电力学院、清华大学、天津大学、河海大学等院校应届毕业生支边组成了内蒙古水利水电学院最早的教师队伍。
1962年9月，内蒙古农牧学院农田水利系重新组建，下设农田水利工程专业；同年，内蒙古水利水电学院撤销，该院农田水利系部分教工和学生并入内蒙古农牧学院。
1963年，农田水利工程首届毕业生26人毕业。
1965年4月，农牧业机械化系与农田水利系合并为农牧业机械水利系（简称机水系）。
1972年5月，机水系撤消，恢复农田水利系。
1990年，更名为水利工程系。
1999年6月，内蒙古农牧学院和内蒙古林学院合并组成内蒙古农业大学，水利工程系更名为“水利与土木建筑工程学院”。 
