追溯至上世纪50年代，南京大学先后创设了国内第一批“无线电物理”和“半导体物理”专业，特色鲜明、在国内外有重要影响。此后，根据国家需要和学科发展趋势，逐渐转向工科类学科的建设。1984年，南京大学组建了信息物理学系，1994年更名为电子科学与工程系。2009年根据学校学科发展提升战略，在电子科学与技术、信息与通信工程学科基础上，通过与中国电子科技集团第十四研究所和第五十五研究所共建，组建了新的工程学科类学院——电子科学与工程学院。
学院以“学研联合、强化特色、推进交叉、抢占高点”为发展思路，遵循新型工科办学的基本范式，浓郁工程学科的文化氛围，内涵发展与外部拓展相结合，走高水平、特色型的发展之路，融入国家和地方创新体系，创建一流学科方向，打造一流师资队伍、培养一流创新人才。
