本科生教学：学院目前拥有教育部正式批准的两个本科专业：“环境科学与工程专业”和“水文与水资源工程专业”，其中环境科学与工程本科专业为广东省优势重点学科，并且入选广东省一流本科专业建设“双万”计划。本科专业教育注重坚实的专业知识基础，同时强调工程科学的创新。两个本科专业的教育各具特色：环境科学与工程专业突出资源-环境-社会经济的系统耦合，并关注新兴环保产业、环保产品和环保服务；水文与水资源专业教育强调地表水资源与地下水资源的一体化研究与管理，致力于介绍从分子到全球尺度的水科学。

研究生教学：2018年5月，南方科技大学正式成为博士学位授予单位和硕士学位授予单位，并从2019年开始独立招收博士研究生和硕士研究生（学硕、专硕）。环境学院依托力学（学硕 / 博士）、物理学（博士）、生物学（学硕 / 博士）、化学（学硕）、材料与化工（专硕）等五个学科进行招生。同时，南科大继续与伯明翰大学、昆士兰大学等多所境外知名高校进行博士生联合培养，学生可获合作院校的学位。