根据上述职责，市水务局内设8个职能处室。
协助局领导搞好综合协调，对局重要决策和工作进行督办；承办文秘、会务、机要、保密、宣传、档案工作；负责机关内部规章制度建设；负责机关和局属单位的机构编制、人事、劳动工资和职称工作；负责机关离退休人员的管理服务工作；指导局政务网站运行管理；负责推进、指导、协调、监督本部门、本系统的政府信息公开工作；承担机关事务、后勤服务工作和机关固定资产管理；负责安全保卫工作。
拟定全市水务建设年度计划，负责国家投资等水务基建项目的申报和审批，负责全市水务基建计划的上报、下达、资金调拨与监管工作；负责水务综合统计及事业财务、基建财务统计工作；拟定水务行业的经济调节措施，对水务资金的使用进行宏观调节；负责对防汛、抗旱、岁修、小农水等水务专项资金的管理，研究提出有关水务的价格、信贷、财务等经济调节意见；负责机关财务管理和局属单位财务审计工作，指导全市水务系统国有资产的监督管理和全市水务行业的规划、计划、财务、统计工作；监督全局国有资产管理。
负责地方性水务法规、政府规章立法计划的拟订、申报工作；组织起草地方性水务法规、政府规章草案，并配合立法中的协调、调研、论证工作；承办规范性文件的审查和报备工作；负责地方性水务法规和政府规章具体适用问题的解释工作，承办法律、法规、规章征求意见的答复和立法协调工作；指导全市水务系统法制宣传教育工作，制订水务普法规划和年度计划并组织实施；拟订水务政策研究年度计划并组织实施，对重大问题进行调研；组织协调水务系统依法行政工作，负责本局查处的水事违法案件法制审查工作；承办市水行政主管部门行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；组织指导水政监察和水行政执法；协调、仲裁跨县区水事纠纷，组织重大涉水违法事件的查处；组织水法律和综合性水法规、规章实施情况的监督检查，参与有关部门牵头的水法律、法规的执法检查；负责全市河道采砂的管理和监督检查工作；负责全局社会治安综合治理和维稳工作。
负责水资源管理、配置、节约和保护工作，承办全市节约用水办公室的日常工作；组织指导水资源调查、评价和监测工作；组织编制水资源专业规划并监督实施；承办水资源论证制度；指导城市供水水源规划的编制和实施；组织指导水功能区的划分并监督实施；指导饮用水水源保护和水生态保护工作；指导湿地生态补水；负责水权制度建设并监督实施，组织指导水量分配和水资源调查工作并监督实施；组织取水许可制度和水资源有偿使用制度的实施和监督；指导水资源信息发布，组织编制全市水资源公报；组织指导计划用水、节约用水工作，指导全市节水型社会建设；组织编制全市节约用水规划，组织拟订县区与行业用水定额并监督实施；对全市供排水、污水处理及回用企业实行行业管理，负责编制城市供水、排水发展规划及年度计划，并指导实施；指导城市供水、排水、节水、污水处理回用等方面的相关工作；指导城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；监管供水企业资质，负责供水水质日常管理和监督；组织自来水价格的核算；组织编制城市湖泊保护规划并监督实施；组织审定江河湖库纳污能力，提出限制排污总量的意见；组织指导水量水质监督、监测和入河排污口设置管理工作；组织指导地下水资源开发利用和保护工作，指导水利（水务）建设项目环境保护、水利规划环境影响评价工作，负责水务建设项目环境影响报告书预审工作。
组织编制全市水务发展战略规划、中长期规划、协助编制全市水务建设年度计划；组织有关全市国民经济总体规划、城市规划中有关水务方面的论证工作；负责组织开展水务各专项规划的编制，组织水务各专项规划的审查、审批和报批手续，协调市县区有关规划管理部门的工作，处理与水务规划有关的矛盾；拟定水务科学技术发展规划和计划；组织水务科学研究、技术推广与教育培训，承办局技术委员会、水利学会日常工作；组织拟定水利行业技术质量标准和规程、规范并监督实施；承办局涉外事宜，组织、指导水务行业对外经济、技术合作与交流；指导全市城市防洪、堤防、水库、水闸除险加固，中小河流治理，供排水等水工程建设、管理及验收等工作；指导全市水工程设施、江河湖库水域及其岸线的管理和保护，指导河道岸线利用管理规划编制，指导全市江河湖库及滩涂的管理与开发；指导水利建设市场的监督管理，负责对本行业勘测、设计、施工、监理、咨询及招投标代理机构的资格初步审查和申报工作；组织农村水电电气化工作，对全市开发建设的小水电及地方电网进行归口管理；负责江河湖库等水域、岸线和各类已建水电工程的行业管理；拟定管理和保护河道、水库、湖泊等水域、岸线、水工程的规章制度并监督实施，指导堤防、水库、水闸、供排水工程运行管理与确权划界，组织实施水工程管理单位考核验收工作，组织指导堤防、水库、水闸等水工程注册登记、安全鉴定工作，指导水工程的监测、安全管理和维修养护工作；负责市管水工程管理范围内建设项目审查管理工作，指导水利工程管理体制改革工作；协助市防办编制审批重点堤防、中型及重点小（一）型水库的度汛方案。
研究提出全市农村水利的政策和发展规划，组织拟定有关规范、标准和规章制度；指导全市农田水利基本建设和全市农村水利社会化服务体系建设；编制全市提水、引水等水利工程的除险加固、小农水项目建设和水利工程岁修计划；指导农村安全饮水工程建设、农村节约用水和安全饮水工作；负责组织拟定灌区规划、指导灌区改造、节水续建配套以及排涝区和机电排灌建设及更新改造；指导水利血防项目计划申报及工程建设。
负责建设水工程符合流域规划和河道管理范围内建设项目审查；负责占用防洪规划保留区土地，新建、改建、扩建入河排污口审核；负责河道采砂、取水、河道工程管理保护范围内作业、跨行政区和河道内建设工程、临时占用河道管理范围内滩地，新建、改建、扩建排水设施等许可，核发取水许可证、排水许可证、采砂许可证等证书；负责开发建设项目水土保护方案、防洪影响评价、水资源论证报告、水利工程开工、避洪设施建设及改建、迁移或拆除城市公共供水设施等审批工作；负责水工程建设项目竣工验收工作。
（南昌市防汛抗旱总指挥部办公室）
承办市防汛抗旱总指挥部的日常工作，组织指导全市防汛抗旱工作；组织编制全市的防洪预案和度汛方案；实施对全市主要江河、中型和重点小（一）型水库以及分蓄洪工程的防汛抗旱指挥调度；组织实施分蓄洪区安全设施的建设和管理；负责收集、报告洪涝、旱灾情，督促检查水毁工程修复，负责提出防汛、抗旱及市级防汛抗旱专项资金的安排意见；管理市防汛机动抢险队；承担局安全生产领导小组办公室的日常工作；指导全市水务行业安全生产工作，组织开展水务行业安全生产大检查和专项督查；组织开展水工程建设安全生产和水库、堤防、泵站等水工程安全的监督检查，组织或参与重大水安全事故的调查处理；组织开展中央和省投资的水工程建设项目的稽查，组织调查和处理违规违纪事件。
机关党委。负责机关和下属单位的党群工作。
纪检组（监察室）。为市纪委（市监察局）的派驻机构。
