根据上述职责，市住房保障和房产管理局设10个内设机构：
（一）办公室
协助局领导做好机关政务、事务的协调管理工作；负责局重要会议和活动的组织安排及局重要文件的起草、审核工作；负责文电、机要、档案、行政事务等机关日常事务运转工作；承办局机关信息、保密、安全、信访、政务公开等工作；负责市人大、政协交办的建议、意见、提案的办理工作；负责落实上级和局机关重大事项的督查督办工作。
（二）组织人事教育处
负责对系统内党建工作、思想政治工作、精神文明建设和机关作风建设进行业务指导；负责局机关及所属单位的机构编制、组织人事、干部培训、职称评聘、技术工人考核定级、出国（境）人员政审、劳动工资、老干部管理和服务以及人事档案管理等工作；负责系统内职工岗位培训、技术等级培训以及学历教育和继续教育；负责局系统内评优评奖工作及社团组织的管理；负责宣传报道工作；指导协调局所属事业单位的改革、改制工作。
（三）财务审计处
负责市区住房基金（房产重置基金、住宅专项维修资金、直管公房维修资金等）的监督管理；负责组织管理市区住房保障资金（包括廉租房、实物配租购房款、廉租房房租补贴、经济适用房补贴及其他政府用于住房保障项目的资金）；负责编制全局的经费预决算，审核经费支出；负责综合统计经济资料，分析经济动态；负责指导、监督局所属单位的会计核算和财务管理；承担本系统行政事业性收费的监管；负责对财务收支、专项经济活动及所属单位法定代表人离职离任进行内部审计。
（四）政策法规处
贯彻落实国家、省住房保障、房产管理法律、法规及政策措施；组织住房保障、房产管理重大政策措施的调研、论证；负责对住房保障、房产管理规范性文件和法律文书的法制审核工作；负责住房保障和房产管理法律、法规、政策的宣传教育；承办住房保障和房产管理行政复议、行政诉讼及听证工作；负责对执行住房保障和房产管理法律、法规、政策的情况进行监督检查；组织查处住房保障、商品房销售、房地产中介、房屋拆迁、物业管理、住宅室内装饰装修等违法违规案件。
（五）住房保障处（住房制度改革办公室）
依据国家、省住房保障和住房制度改革文件，研究住房保障和住房制度改革政策；负责公有住房出售、房改房上市交易、职工购房补贴等房改事项进行核准；牵头编制市区住房保障发展规划和年度计划，牵头组织住房保障和住房制度改革统计工作；负责市区享受廉租住房和经济适用住房、经济适用住房政策性补贴、公共租赁住房、限价商品房等保障对象的资格准入核准、公示、销售等组织工作；负责廉租住房、公共租赁住房等保障性住房的收购、分配及日常管理工作；负责全市住房保障和住房制度改革工作的组织协调和督查考核；配合有关部门查处违反住房保障、房改政策的行为。
（六）政策性住房建设管理处
负责编制市区政策性住房的总体建设规划和年度建设计划；负责市区拆迁安置房（低价位普通住宅商品房）的政策拟定、年度建设任务的督促落实和考核、拆迁安置房（低价位商品房）销售监管、销售款资金共管账户管理、平衡资金（土地出让金补差资金）征收、准予初始登记证明单的核发、剩余房源处置等工作；牵头组织拆迁安置房用地建设条件综合论证、开发建设单位信用等级评定；负责市区经济适用房（保障性商品房）、廉租住房以及市财政出资兴建的公共租赁住房的建设标准执行情况进行审查、建设进度协调、年度建设任务落实、房源调配工作；参与经济适用房（保障性商品房）、廉租住房、市财政出资兴建的公共租赁住房的建设用地规划、用地出让和价格核定工作；承担南通市拆迁安置房建设工作领导小组的日常工作。
（七）房屋拆迁管理处（市城市房屋拆迁管理办公室）
依据国务院、省房屋拆迁管理条例及相关配套法规，组织拟定本市房屋拆迁管理办法及相关配套政策文件；负责编制上报全市年度拆迁计划，对全市拆迁工作实施监督管理，依法查处拆迁违法违规行为；负责全市拆迁实施单位的拆迁资质审核、年检和拆迁评估机构的准入公示、从业人员上岗培训、拆迁上岗证核发；负责市区拆迁招标投标、拆迁评估机构推荐、房屋拆迁许可、拆迁补偿安置专项资金监管、工程验收；负责市区拆迁行政裁决、复议、诉讼；负责处理本级拆迁信访及县（市）、区拆迁主管部门的拆迁信访复查、复核工作；指导和督促拆迁人做好拆迁档案资料的整理和移交工作；负责拆迁政策宣传。
（八）房产管理处
依据国家、省房产法规和政策，研究起草规范性文件和实施细则；承担全市房地产市场监督管理、规范房地产市场秩序的责任；拟订全市房地产业中长期发展规划并组织实施；负责市区房屋产权产籍管理、商品房预售许可、销售管理、房产交易管理；负责全市房地产中介机构的管理和业务指导；对房产交易市场违规行为进行查处；负责市区直管公房的经营管理；负责房地产市场监测分析，实施商品房和存量房交易网上管理；负责本行业各类信息汇集和发布。
（九）物业管理处
依据国家和省有关物业管理的政策、规定，组织拟定本市物业管理政策措施和行业标准；负责协议选聘前期物业管理企业审批、三级资质的认定和物业管理用房备案；依法管理物业服务企业的资质；指导和监督住宅专项维修资金管理工作；依法查处物业管理重大违法行为；监督管理前期物业管理招标投标活动；对全市物业服务企业进行业务指导和监督，对物业服务合同进行备案；建立健全物业服务企业信用档案；组织实施对各区、各部门推进物业管理工作情况的检查考核。
（十）房屋安全管理处（市住宅室内装饰装修管理办公室）
依据国家、省有关住宅室内装饰、装修管理方面的政策、法规，组织拟定住宅室内装饰装修管理方面的具体办法和配套措施；负责对涉及改变住宅结构的行为的许可；负责全市白蚁防治管理工作，对白蚁防治从业人员进行考核、培训管理工作；负责全市房屋安全鉴定机构及鉴定从业人员管理工作；负责对市区直管公房、廉租住房的修缮、公房优惠出售后公用部位维修等进行监管；编制全系统科技发展规划和实施办法；负责系统内建筑工程质量的管理和监督，参与质量验收和评定；推广新技术新材料，负责系统内科研项目立项和成果评定、奖励以及科技成果的初核、上报；检查、指导系统内各单位的安全生产工作。
另按有关规定设立机关党委、工会、共青团、人民武装组织。
