根据《市委办公室 市政府办公室关于印发<南通市水利局职能配置、内设机构和人员编制规定>的通知》（通办〔2019〕50号），南通市水利局设下列内设机构：
（一）办公室（人事处）。负责机关日常运转，承担信息、宣传、安全、保密、信访、政务公开等工作；负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、队伍建设、劳动工资、教育培训、绩效管理等工作；指导全市水利系统人才工作和职工队伍建设；负责离退休干部工作。
（二）规划计划处（基本建设处、监督处）。拟订全市水利发展规划，组织编制区域水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施，参与市际县际边界水利规划协调；拟订市级水利固定资产投资计划；组织指导有关防洪论证工作；编制、审查大中型水利建设项目建议书、可行性研究报告；组织实施省下达的水利建设投资计划，承担水利统计工作；组织指导市水利重点工程项目的初步设计及概算；组织指导全市水利基本建设管理工作，负责市重点水利工程建设项目法人及招投标活动的监督管理；组织指导全市水利工程建设；负责市重点水利工程建设的验收；组织指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设；督促检查水利重大政策、决策部署和重要工作的贯彻落实情况；组织实施水利工程质量和安全监督；承担水利行业安全生产监督管理工作；组织或参与制定水利行业安全管理规程规范；指导市属水利工程管理单位、重点建设项目的安全监管；组织重大水利安全生产事故的调查处理。
（三）政策法规处（行政服务处、三峡移民处）。组织起草有关地方性法规、规章草案，负责规范性文件的合法性审查、备案并监督实施；组织开展有关水利改革与发展的政策研究；指导法治水利建设和依法行政工作；指导行政执法工作；承办行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；指导水利系统法治宣传教育和普法宣传工作；负责洪水影响评价类、取水许可及生产建设项目水土保持方案、河道采砂及管理范围内从事有关活动、水利项目设计文件审查等行政审批工作，并限时办结；指导三峡移民工作；贯彻落实三峡移民有关政策，指导监督三峡移民后期扶持政策的实施。
（四）财务审计处。指导水利系统财务会计和内部审计工作；负责编制市级水利部门预算并监督执行；负责市级水利资金的使用及监督管理；指导市级水利国有资产的监督管理工作；提出有关水利的价格、收费、信贷的建议；负责所属事业单位财务管理、内部审计和领导干部的任期经济责任审计工作。
（五）水资源管理处。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，指导开展水资源有偿使用工作；组织水资源承载能力监测预警工作；组织编制并发布市水资源公报；指导水量分配工作并监督实施，组织指导河道生态流量水量管理；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作，按规定组织饮用水源地设置论证工作；负责地下水开发利用和地下水资源管理和保护，组织指导地下水超采区综合治理；参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作；指导水利行业供水、排水和再生水利用工作；指导雨洪资源利用的工程建设与管理；拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，拟订行业用水标准并监督实施；组织指导计划用水、节约用水工作；组织实施用水总量、用水效率控制和定额管理制度；组织指导和推动全市节水型社会建设工作；承担节水型城市创建有关工作；会同相关部门指导农业节水工作；指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
（六）工程运行管理处（生态河湖处）。组织指导水旱灾害防御和水量调度工作；组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施；承担水情旱情监测研判预警工作；组织编制主要河道和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度及应急水量调度方案，按程序报批并组织实施；承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作；承担台风防御期间重要水工程调度工作；组织指导全市水利设施的管理、保护和综合利用；组织指导监督跨区域调水工程的调度管理等工作；负责市属水利工程的运行管理；组织编制水利工程运行调度规程，指导水库、泵站、堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界；组织指导城市防洪和水利工程的运行管理；组织指导水利调度规划的编制、实施、督查、考核等工作；指导全市水域及其岸线的管理和保护，指导流域和区域主要河道、水库及河口的开发、治理和保护；指导河道水生态保护与修复以及河道水系连通工作；会同相关部门指导全市河道保护规划编制工作；指导河道采砂规划和计划的编制并监督实施。
（七）农村水利与水土保持处（科技与对外合作处）。组织开展大中型灌排工程建设与改造；指导农村饮水安全、乡镇供排水、农村河道疏浚整治等工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作；指导农村水利社会化服务体系建设；指导全市水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，负责水土流失监测、预报并公告；组织编制水利科技、水利信息化发展规划；负责水利科技项目和科技成果管理工作，组织水利科学技术研究、技术引进和技术推广；组织指导全市水利行业技术标准、规程规范的实施；指导水利科技和水利信息化工作；负责水利行业对外合作与交流工作。
（八）河长制工作处。承担市河长制工作领导小组办公室的日常工作；组织拟订推行河长制工作制度，编制工作计划和考核目标；向市级河长提出工作建议，落实市级河长确定的事项；对河长制工作落实情况进行检查、督查、考核；协调督导河长制工作重点事项和问题。
机关党委。负责机关及所属事业单位的党群工作；承担水利行业党建工作。
