船舶与海洋工程系是南通航运职业技术学院的重点系科之一。船舶与海洋工程系下设船体、舾装、结构和焊接四个教研室和一个焊接技术中心。设有船舶工程技术、船舶舾装、船舶检验、钢结构建造技术、焊接技术及自动化等专业，共有全日制在校生1600多人。

船舶与海洋工程系拥有船舶制造实训中心、数字化造船实训中心、船舶舾装实训中心、船舶焊缝无损检测实训中心和钢结构实训中心等校内实训实习基地；拥有南通市“船舶先进技术重点实验室”和“南通市船舶焊接技术培训基地”；设在我院的“江苏省船舶工程技术研究开发中心”主要依托船舶与海洋工程系。

船舶与海洋工程系与江苏扬子江造船有限公司、南通中远川崎船舶有限公司、江苏新世纪造船有限公司、江苏熔盛重工集团、扬州大洋造船有限公司等多家国内著名企业建立了产学研合作关系以及校外实训实习基地。

船舶与海洋工程系积极探索 “工学交替”、“订单式”培养等多种形式的工学结合人才培养模式，坚持以服务为宗旨、以就业为导向、产学研相结合的办学思路，立足江苏，辐射全国，培养满足现代造船模式要求，适应船舶工业发展需要，面向船舶制造及船舶配套业第一线的从事技术、管理工作的知识与技能相结合的高技能、复合型人才。