根据上述职责，自治州建筑规划设计院设4个内设机构。

一办公室。

组织协调机关的日常工作，组织起草综合性文稿，负责会议组织、文电处理、政务信息、政务公开、依法行政、组织人事、固定资产、财务、档案、保密、信访、老干、后勤服务等工作；负责机关精神文明、计划生育、综合治理、效能建设等工作；负责建筑规划设计院的资质申请、注册及营业登记、变更和证书年检工作；负责职工个人注册及职称评定工作；负责各类统计报表的报送等工作。

二总工办。

负责组织执行自治州建筑规划设计院技术管理细则和国家颁布的有关行业标准，实现设计意图；负责组织审核设计文件，核对工程数量，及时解答施工图纸中的疑问；指导、检查技术人员的日常工作。

三建筑室。

负责建筑工程的建筑设计；负责建筑工程的结构设计；负责建筑工程的给排水、暖通及电气设计。

四规划室。

负责建制镇（乡、场）及以下总体规划和修订、城市详细规划的编制、城市各种专项规划的编制、建设工程项目规划选址的可行性研究；负责建筑工程的概预算。