办公室
承担院人事文秘、行政事务、财务、档案、保密、信访、培训、精神文明建设等工作。
综合技术管理科
承担勘察设计质量管理体系建设；工程技术、设计质量及资质印章管理；技术评审、项目校审、施工服务及回访工作；设计费用测算、设计产品出版审查及交付等工作。
水利水电工程规划科
承担流域（区域）规划、灌区规划；小型水库、电站及配套工程规划；项目水土保持方案编制等工作。
水利水电工程设计科
承担农田水利工程、农村改水、小型水库、电站及配套工程设计、实施方案设计等工作。
水利水电工程勘测科
承担水利水电工程项目测量、地形测绘；水文地质、工程地质勘察、土工及材料试验；建设项目地表水、浅层地下水水资源论证等工作。
工程经济管理科
承担水利水电工程项目的招标代理、工程投资估算、概预算、工程经济评价及造价咨询等工作。
